阜阳市颍东区国家税务局，起源于2005年9月，其历史可以追溯到原阜阳市国家税务局第三分局和第六分局的整合。这次整合为区税务局的成立奠定了基础。2010年7月，区税务局进一步进行了机构改革，以适应新的工作需求。
该税务局设有党组，目前的领导班子由5名成员组成，负责全局的决策和管理。内部机构设置精简高效，包括10个主要科室：办公室、政策法规科、收入核算科、为纳税人服务的纳税服务科（即办税服务厅）、征收管理科、人事教育科（含机关党委办公室）、监察室，以及税源管理的一、二、三科。此外，还有一个事业单位，即信息中心，负责信息技术支持和服务。
区税务局下辖两个重要的派出机构，分别是袁寨税务分局和插花税务分局，它们在各自的区域负责税务管理和服务工作，确保了税收工作的全面覆盖和高效执行。