教育部高等教育教学评估中心的机构设置包含多个职能部门，以确保高效运作和专业服务。
首先，办公室是中心的核心支持部门，负责协助领导协调各项事务，涵盖组织、人事、行政管理、财务、档案管理、工会事务以及提供机要和后勤保障服务。
接着是院校教学评估处，专门负责对普通高校、独立设置的成人高校、中央电大以及中外合作办学机构的教学质量进行评估。
综合处则聚焦于高等教育教学评估的政策研究，包括法规和理论方法，同时执行专项评估任务，与国际教育评估机构开展合作交流，并负责对外宣传工作，还负责编辑并发布《教育部高等教育教学评估中心工作简讯》。
专业评估处主要承担高校专业评估认证工作，包括独立学院的评估，确保专业教育质量的持续提升。
另外，培训处是提升教育评估专业能力的关键，负责组织各类教学评估、专业评估培训，以及评估专家的培养工作。
最后，信息处是数据驱动的中枢，负责收集、分析和发布高等教育教学的基本状态数据，管理并维护教学基本状态数据库，建设和维护评估网站，提供相关评估信息咨询与服务。
中华人民共和国教育部高等教育教学评估中心于2004年8月正式成立，是教育部直属的行政性事业单位。其主要任务是负责组织实施高等学校本专科教育的评估工作。