清远市食品药品监督管理局设立有多个内设机构，以确保各项职责的有效执行。以下是主要的职能分工：
办公室: 负责党务、文电管理，以及机关日常工作，如信息、安全、保密、后勤保障等。还指导系统科技与信息化建设，负责机关及事业单位的采购、审计、财务、资产管理以及工青妇、计划生育和精神文明建设工作。
执法监督科: 负责行政执法、行政许可的监督及法制工作，参与规范性文件的起草、审核，处理行政复议、应诉和听证事务，负责纪检监察和党风廉政建设，负责处理来信来访、人大建议和政协提案，以及开展普法宣传教育。
食品安全监管科: 管理消费环节食品安全，监督相关规范执行，进行食品安全状况调查、监测和评估，处理食品安全事故，并负责重大活动的餐饮食品安全保障。
保健食品监管科：监控保健食品标准执行，确保相关质量管理规范的实施，负责日常监督和管理工作。
化妆品监管科：监管化妆品标准，监督质量管理规范，负责化妆品的日常监督。
药品安全监管科: 监督药品标准，管理特殊药品，执行中药品种保护制度，监管药品包装材料和容器，监督药品不良反应监测。
药品流通监管科：负责处方药和非处方药分类管理，监督经营质量管理，农村药品网络建设，医疗机构药房监管，以及药品广告的监测。
医疗器械监管科: 监管医疗器械标准，分类管理制度，生产、经营和使用质量规范，组织不良反应监测，监控医疗器械广告。
行政许可科: 承担消费环节食品餐饮服务许可、保健食品经营许可、药品和医疗器械经营许可的受理、审批和发证工作。
人事科: 负责人事、劳动工资、退休干部管理，专业技术职称评审，执业药师注册，以及相关人员的培训工作。
稽查分局: 执行法律，查处消费环节食品安全、保健食品、化妆品、药品和医疗器械领域的违法行为，制定抽验计划，应急处置和产品召回，监督指导系统的稽查执法。