南阳市科学技术局的机构设置包括多个部门，每个部门负责特定的科技管理和服务工作。以下是各科室的主要职能：
办公室/南阳市国防动员委员会科技动员办公室：负责机关的政务协调、文件管理、财务、宣传、安全等工作，负责软科学管理和科技政策法规的执行，以及科普工作和资产管理。
社会发展科技科/发展计划科：研究科技发展战略，制定发展规划，协调科技计划实施，负责相关领域科技项目的专项攻关、成果转化和统计管理工作。
高新技术发展科：负责高新技术发展和产业化的规划，指导国家和省级创新基金项目申报，以及市级高新技术产业的管理工作。
农村科技科：制定农村科技发展计划，组织农村科技攻关和示范项目，指导农业科技园区建设和农村科技服务体系的建设。
科技人才开发与对外合作科：负责创新型科技人才队伍建设，对外科技合作与交流，以及国际科技合作项目的实施和管理。
科技成果科/南阳市技术市场管理办公室：执行科技成果管理和技术市场政策，管理科技成果鉴定、推广和保密工作，负责技术合同认定和仲裁。
纪检组/监察室：负责机关和直属单位的纪检监察工作。
机关党委/人事科：负责党群工作、人事机构编制、科技干部管理、依法治市、档案保密和离退休干部等工作。