1.鸟胞内复合体分枝杆菌
（1）免疫健全者 ①小结节状/支气管扩张性病变：克拉霉素或阿奇霉素+EMB+RFP。②空洞性病变：克拉霉素或阿奇霉素+EMB+RFP±链霉素或阿米卡星。③晚期（重症）或原先治疗过敏患者：同空洞性病变的治疗，但去除RFP。
（2）免疫抑制者（HIV/AIDS） ①最初预防：适用于CD4+计数小于50～100μL的患者。②治疗：克拉霉素+EMB+RFP，口服；另选阿奇霉素+EMB±RFP，口服。③二次预防：预防是必要的。选择克拉霉素或阿奇霉素+EMB；另选克拉霉素或阿奇霉素或RFP。
2.堪萨斯分枝杆菌
INH+RFP+EMB。如果RFP耐药，可选INH+维生素B6+EMB，再联合SMZ-TMP，直至培养阴性。
3.蟾蜍分枝杆菌
方案未定。可试用大环内酯类+RFP/RFB+EMB±SM，或RFP+INH+EMB，最近有研究提示大多数伴HIV感染患者不需要治疗。
4.玛尔摩分枝杆菌
外科切除，偶尔有化疗指征，方案未定。
5.溃疡分枝杆菌
方案未定。RFP+AMK或FMB+SMZ-TMP。外科切除最重要。
6.戈登分枝杆菌
方案未定。可以考虑RFP+EMB+KM或环丙沙星。
7.嗜血分枝杆菌
方案未定。外科剥离术可能需要。
8.海分枝杆菌
克拉霉素或米诺环素或多西环素，或SMZ-TMP，或RFP+EMB，外科切除。
9.猿猴分枝杆菌
方案未定。开始4药联合，同播散型鸟胞内复合体分枝杆菌。
10.日内瓦分枝杆菌
应用≥2种药联合，如EMB、RFP、RFB、氯法齐明、克拉霉素。环丙沙星无效。
11.隐秘分枝杆菌
合理方案未定。多数采用克拉霉素+EMB+环丙沙星±RFP。
12.龟分枝杆菌（脓肿亚型和龟亚型）
皮下脓肿切除联合化疗，可选克拉霉素口服。阿奇霉素亦有效。在严重播散性病例最初2～6周联合AMK+亚胺培南或头孢西丁。
13.偶然分枝杆菌
理想方案未定。感染灶外科切除。化疗可用（AMK+头孢西丁+丙磺舒）。口服两种敏感药物6～12个月通常有效。美甲沙龙获得性感染米诺环素、多西环素或环丙沙星4～6个月有效。
指导意见：非结核分枝杆菌病的治疗仍以目前常用的抗结核药物，如异烟肼利福平，乙胺丁醇吡嗪酰胺和链霉素为主，但耐药率较高。且因机体体质因素等问题故治疗较困难治疗原则为联合、长程药物治疗近年来用于治疗非结核分枝杆菌病的药物尚包括喹诺酮类如环丙沙星、氧氟沙星、氟罗沙星、大环内酯类如阿奇霉素、克拉霉素、头孢菌素类如头孢酊、头孢克肟。氨基糖苷类如阿米卡星、卷曲霉素、庆大霉素以及利福布汀、环丝氨酸和乙硫异烟胺。此外如亚胺培能南、四环素、多西环素对氨水杨酸钠（PAS）和磺胺甲恶恶唑亦有一定疗效。不同的非结核分枝杆菌有关药物敏感性不尽一致故应针对病原菌结合药敏试验结果考虑2～4药联合治疗方案。