本罪与诈骗罪的界限
本罪与诈骗罪，两者之间存在着法条竞合关系。行为人以金融凭证进行诈骗属于诈骗罪的一种表现形式，前者即本罪为特别法条，后者即诈骗罪为一般法条。根据法条竞合适用的原则，除有特别规定的除外，应依特别法条在这里即为本罪定罪量刑。
从理论上看，它们有许多相同之处。但区别主要是：（1）诈骗行为发生的时空不同。前者只能发生在金融活动中；后者只能发生在金融活动以外。（2）诈骗的方式不同。前者是通过使用伪造、变造的委托收款凭证等其他银行结算凭证这一金融道具实施的；后者是使用法律没有明文规定的道具实施的。（3）犯罪客体不同。前者侵犯的是复杂客体，即国家对金融凭证的监督、管理制度和公私财产所有权；后者只是公私财产的所有权。（4）犯罪主体不同。前者包括自然人和单位；后者只能是自然人。实践中，如果行为人在非金融活动中使用伪造、变造的其他银行结算凭证实施诈骗，构成犯罪的应当以诈骗罪定罪处罚。反之，金融活动中使用伪造、变造的其他银行结算凭证进行诈骗，构成犯罪的则应当以金融凭证诈骗罪定罪处罚。
与票据诈骗罪等的的界限
与票据诈骗罪、信用卡诈骗罪、信用证诈骗罪的界限。从理论上说，它们的主要区别是：（1）实施诈骗时所使用的金融道具不同。前者所使用的只能是伪造、变造的其他银行结算凭证；后者使用的分别是票据、信用卡或信用证，可以是伪造、变造的或真实的。（2）诈骗的手段不尽相同。前者只有使用行为一种；后者除使用行为外，还包括其他法定的行为方式，如签发空头支票或无资金保证的汇票、本票，骗取信用证或其他方法的，恶意透支的等。（3）犯罪的直接客体不尽相同。前者侵犯的是国家对其他银行结算凭证的监督、管理制度和公私财产所有权；后者侵犯的分别是国家对金融票据、信用卡、信用证的监督、管理制度和公私财产所有权。实践中，如果从票据、信用卡、信用证均具有银行结算功能看，刑法对金融凭证诈骗罪的规定是属于普通性罪名，而对票据诈骗罪、信用卡诈骗罪、信用证诈骗罪规定则属于特殊性罪名，按照法学理论关于特别法优先于普通法适用的一般精神，对以票据、信用卡、信用证实施诈骗构成犯罪的，只能以票据诈骗罪、信用卡诈骗罪、信用证诈骗罪定罪处罚，不能以金融凭证诈骗罪定罪处罚。
本罪与伪造、变造金融票证罪的界限
行为人伪造或变造委托收款凭证、汇款凭证、银行存单等其他银行结算凭证又用之骗取财物的、属于手段牵连行为，根据牵连犯的处理原则应择一重罪进行处罚。
与非罪
2003年，当时陕西最大金融诈骗案开审
实践中，在区分金融凭证诈骗罪的罪与非罪时，主要注意从以下方面区分：
（1）从主观上看，行为人对自己使用的委托收款凭证等其他银行结算凭证是否明知是伪造、变造的以及是否有非法占有公私财物的目的。如果行为人对所使用的委托收款凭证等其他银行结算凭证不知道是伪造或变造的或者虽然明知但不以非法占有为目的而使用的，不构成犯罪。
（2）从客观上看，行为人使用伪造、变造的委托收款凭证等其他银行结算凭证的行为是否发生在金融活动中及其使用所非法获取、占有的公私财物是否达到数额较大的程度。如果在金融活动中使用但非法获取、占有的公私财物达不到数额较大的不构成犯罪；如果不是在金融活动中使用而非法获取、占有公私财物数额较大的，也不构成本罪。“数额较大”，依据2001年4月18日最高人民检察院、公安部《关于经济犯罪案件追诉标准的规定》第44项的规定是“个人进行金融凭证诈骗，数额在5000元以上的；单位进行金融凭证诈骗，数额在10万元以上的。”
盗窃银行存单的定罪
如果银行存单是能够即时兑现的并且行为人没有实施其他的犯罪行为而直接兑现的，则以盗窃罪定罪处罚；如果行为人盗窃银行存单后通过对银行存单予以变造而兑现的，则属于盗窃罪，伪造、变造金融票证罪和金融凭证诈骗罪的牵连犯，应当按照刑法理论“从一重罪”的一般原则定罪处罚。
