余姚市城市管理行政执法局的机构设置包括了多个部门和下属单位，以确保环境卫生和城市秩序的管理。主要分为以下部分：
环境卫生管理处内设如下职能科室：
办公室: 协助处主任处理日常事务，包括文秘、人事、统计、接待和后勤保障等工作，负责文件管理、保密、信访处理等，并完成领导交办的任务。
财务科: 负责财务工作，包括收支管理、资产核查、备查账记录和票据管理，以确保单位资金的规范运作。
业务科: 制定工作计划，负责环境管理宣传、业务联系、质量检查考核、业务指导及周边地区的环卫工作指导等。
督查科: 实施环境卫生监督，负责工作质量的检查和纠正，处理违规行为，并确保考核的公平公正。
环卫监察中队: 执行环卫监察执法，负责有偿服务收费、建筑垃圾管理和违法违章行为查处等工作。
渣土办: 统一规划渣土处置管理，负责渣土场设置、资质审核、处置证核发和市场规范等。
此外，还有专门处理垃圾的：
垃圾场: 负责垃圾填埋、污水处理和安全管理工作，以及垃圾车辆管理和垃圾处理标准的执行。
小修队: 专门负责化粪池盖板制作、设施设备维修和环卫设施改造等工作。
车队: 负责环卫车辆管理、作业及设施设备维护，确保车队运行效率和安全。
最后，四个所负责各自管辖区的保洁、设施维护、垃圾收集和质量监督等工作。