藏医有一套完整的理论体系，幼地指导着临床的医疗实践。藏医的基本理论包括三因学说、人体类型学说、人体解剖及生理、病因学说、疾病分类等内容。 三因指隆、赤巴、培根(音译)。藏医认为这三者是构成人体的基本要素，各有其生理机能。在正常情况下，它们保持着协调和相对的平衡状态，维持着人体的健康,而当其中某一成分因故偏盛或偏衰时,人体则陷于病态。三者各司其职。
隆 意为风，主呼吸。分成五种：①维命隆。位于头顶部，运行于胸、咽、喉部，司饮食吞咽、呼吸、分泌唾液，使记忆力增强，五官清明。②上行隆。位于胸部，运行于鼻、舌、喉等处。其作用是润泽肤色，使发音清晰，精神振奋。③遍行隆。位于心脏，遍行全身各个部位，使四肢能举动，行走屈伸自如，口鼻开合灵活，并司理语言和思维。④等火隆。位于胃脘部，运行于内脏器官。作用是消化食物,把食物分解为精华和糟粕,使血液生成。⑤下泄隆。 位于肛门，运行于大肠、 膀胱、阴部及大腿内侧。它管理男性精液、女性月经及大小便的排泄、产妇的分娩等。
赤巴 意为火，主身体之热能。分成五种：①能消赤巴。存在于胃肠。能把食物分解成精华和糟粕，增加身体的热力，并协助其他四种赤巴保持正常的机能。②变色赤巴。存在于肝脏。 其功能主要是使血液、 胆汁、肌肉和骨骼等保持自己的颜色。③能作赤巴。存在于心脏。它支配意识，使人有胆识谋略，使人骄傲并产生欲望。④能视赤巴。位于眼部。使人眼能视物，主司人的视觉，并使人能辨别客观世界的各种颜色。⑤明色赤巴。存在于皮肤。使人的皮肤色泽鲜明而润泽。
培根 意为水和土，主体液。分成五种：①能依培根。存在于胸中，是最重要的一种。能协调使其他四种培根保持正常，调节全身水分，使其保持适量。②能化培根。存在胃之上部，食物未经消化的部位。主司食物磨碎和腐熟。③能味培根。存在于舌部。主司人的味觉。④能足培根。存在于头部。主司眼睛等器官的发育，也使人的欲望满足和知足。⑤能合培根。存在于所有关节处。其作用为主司骨与骨之间相互联接，使之能屈伸自如。
隆、赤巴、培根三者的关系是互相依存、互相制约、互享调以维持人体的正常机能，使其成为整体。例如，对食物的正常消化、吸收，分清糟粕和精华，需要有能化培根、能消赤巴和等火隆三者共同完成，如果三者不协调，消化吸收就会受阻，以致引发疾病。 藏医把人体按隆、赤巴、培根分成三种类型。隆有粗、轻、寒、微、硬、动六种特性，隆型人体型干瘦、背曲、面色偏青灰、多话、不耐寒、睡眠不踏实、 体格矮小、喜唱歌与嬉笑、 喜争论、嗜甜酸苦辣味和具有老鹰、乌鸦、狐狸般的性格。赤巴有腻、锐、热、轻、臭、泻、湿七种特性。赤巴型的人体型高、多汗、身有臭味、易渴不耐饥、头发及肤色偏黄，聪明而骄傲；嗜甜苦涩凉味和具有猴子、老虎般的性格。培根有腻、凉、重、钝、稳、柔、粘等七种特性。培根型的人较肥胖、肌肉丰满、肤色偏白、体型端直、耐饥渴和烦恼、嗜睡眠、嗜酸涩辣等，其性情善良，具有狮子般的性格。
淤人属混合型， 有两种类型的混合性格。 如隆、赤巴混合型者身体较小,培根、隆混合型者身体中等,培根、赤巴混合型者身体高大，其性格、行为、嗜好等则兼有两者之特点。判定人的类型，与用药治病的关系极为密切。 由于民族习惯及民俗关系，藏医对于人体解剖及生理有比较深入的了解。在内脏构造方面，也认为有五脏：肝、 心、脾、肺、 肾；六腑：胆、小肠、大肠、膀胱、胃和“三木休”（类似中医的“三焦”）。而且对骨骼关节、脑髓神经等，都有一定的认识。对于胚胎学的认识，在世界医学史上也占有一定地位。例如藏医典籍中已认识到，人胚是由父精与母血所结合，逐渐发育而成的。胎儿从母体吸收营养，犹如水库通过水渠（脐带）向庄稼（胎儿）灌溉一样。在发育过程中，胎儿不断发生变化，并且要顺序经历与鱼、龟、猪相似的几个时期。这些认识基本与现代研究结果相吻合。
藏医还认为人体是由七种物质构成的：即精微（来自食物）、血液、肌肉、脂肪、骨骼、骨髓和精液。这七种物质在体内有各自的功能，如精微是人体的营养物；血液维持生命，肉保护内脏，骨是支持全身的框架，髓则可变为精液，精是生殖繁衍不可缺少的物质。除这七种物质外，人体还有汗、尿、粪三种排泄物。
藏医认为，人体内的三大因素，七种物质、三种排泄物等，在正常情况下都有一定的量，互相之间保持协调，一旦这种协调关系受到破坏，发生偏盛或偏衰，都会导致疾病。 诊断方法包括望诊、问诊和触诊(脉诊)。
望诊 内容较广，如观察病人的神情、气色、动作、喘息等，但其重点主要是舌诊和尿诊。舌诊观察舌质的老嫩肥瘦和色泽，舌苔的有无、厚薄和质地等。尿诊则是具有藏医特色的诊断方法之一，其观察的内容包括尿量、尿色、尿的沉淀物、气味、泡沫的有无与性质、尿中的漂浮物、蒸气逸出情况。通过尿诊，即能提出疾病的诊断，并判断其预后。
问诊 与一般医学体系的问诊基本一致，包括的内容也较多，如问现在病证的起因经过，发病缓急，病程变化，环境及气候因素,饮食起居，用药及治疗情况,家庭病史等。
脉诊 藏医的脉诊与汉族医学的脉诊相似。切脉的部位在腕部桡动脉， 用三个指头按住寸、 甘、恰三个部位,分别诊候心脏和小肠、 脾和胃、肾和“三木休”（左手），肺和大肠、肝和胆、肾和膀胱（右手）等脏器的状态。藏医认为心脉与舌相联系，肺脉与鼻相联系，肝脉与两目相联系，脾脉与口唇相联系，肾脉与两耳相联系。当某一脏腑有病时，其相应的五官也会有病态出现：如心脉有病，则舌缩语艰；肺脉有病，则鼻翼下陷；肝脉有病,则两目上吊；脾脉有病,则口唇下垂；肾脉有病则两耳失聪或耳轮枯槁。藏医能区别20多种脉象，但其中较常见的12种脉象，对于鉴别病证的寒热，关系重大，而藏医一般辨证也总是着重辨别病证的寒热。例如，热证脉多数、 洪、大、 弦、滑、硬；寒证脉多沉、迟、弱、细、浮、虚。藏医对诊脉的要求也较严格，认为清晨刚睡醒，晨曦微露的时刻，所得脉象最能反映人体真实情况。认为医生一呼一吸之间脉跳 5次为正常；而每次诊脉，至少应达 100次，才能判断节律的均匀、快慢。诊脉还应区别四季的不同，因为脉象在不同季节有相应的变化。此外，藏医还运用五行生克学说来解释脉象。 藏医治疗疾病有多种方法，其中以饮食疗法和药物疗法最为常用。
饮食疗法 对患者应吃哪些食物、忌食哪些食物，都有严格规定。四季饮食也有所不同。例如，患赤巴病，可食野牛肉、鱼、羊肉、蜂蜜；春季宜食苦辛涩三种味的食物,如陈青稞、干燥地区的畜肉、蜂蜜、开水、姜汤等食物。又如隆病宜食大葱、大蒜、羊肉、马肉、驴肉、红糖、陈酥油、黑芝麻油、热糌粑、白酒、牦牛奶等。
药物疗法 分内服、外用两种。藏医认为，药物有六味、八性、十七效的区别。六味即甘酸苦辛咸涩；八性为轻、 重、寒、 热、锐、钝、润、燥；十七效为寒、热、温、凉、 稳、动、轻、 重、润、干、燥、稀、钝、锐、细、腻、软。治病时，需针对疾病的特性采用药效相对的药物。如隆病的特性为粗、轻、硬、动，治疗宜用细、重、软、稳等药效的药物。
除了饮食疗法、药物疗法外，藏医还有许多其他疗法，包括用器械外治、放血疗法、艾灸疗法、拔罐疗法等多种外治疗法。此外，藏医还十分重视起居生活与各种疗法互相配合。 根据药物的自然来源，藏医把药物分成珍宝类、矿物类、植物类、动物类等。每一类又分若干小类，如植物类分树类、湿生草类、旱生草类等，其中树类又分果实、花、树叶、树干、树枝、树皮、树脂等类。动物类更细分成角、 眼、舌、齿、 喉头、心、肺、肝、胆、脾、肾、胃、肠、生殖器、骨、骨髓、脑、脂、血、肉、皮、毛、 翎毛、爪蹄、胃糜、粪、!便、奶、昆虫、头、蛋等。藏医所用药物中，矿物药和动物药占相当大的比例，这是与藏族的生活习俗和自然环境相适应的。
五行 五行与药味关系密切。藏药的五行是土水火风空，其中的土为生长药物之本源，水是供应药物生长汁液的，火提供药物生长的热能，风或气为药物运行之动力，空提供药物生长的空间。五行必须协调，药物的性质才能正常，如果土水偏盛，则药物味甘；火土偏盛，则药物味酸；水土偏盛，则药物味辛；土风偏盛，则药物味涩。
剂型 汤剂、丸剂、膏剂、散剂等等，就其作用和给药途径而言，分为清热、 解毒、吐剂、 泻剂、灌肠、外涂、外敷等。由于自然条件所限,藏医较少用汤剂,而多用丸剂。丸剂的种类除水丸、蜜丸外，还有特殊的酥油丸。
藏药中还有不少常用的药物组合，在临证实践中经常同时合用，如三果（诃子、毛诃子、余甘子）、三凉（石膏、红花、丁香）、三热(肉豆蔻、益智仁、草果)、四贤味（草果、肉桂、益智仁、木棉花丝）等。从这些组合中，也可以看出藏医的组方用药原则，如所谓三凉药中，有一味属热性，而所谓三热药中，有一味属凉性。 西藏是一个政教合一的社会，藏传佛教的教义渗透到社会生活的每一个角落。藏医从其奠基时期开始，就与佛学结下了不解之缘。佛教的宗旨是慈悲为怀、普渡众生。从某些意义上说，这个宗旨与藏医的目标是共同的。比如，佛教的教规有五戒、六戒等教戒。要求医生“持戒”，即不杀生、 不饮酒、 不邪淫、不妄语。要求对病人应不分贵贱，把六方世俗的众生一律“视为自己的父母”，甚至要医者“以德报怨”，对病人不计较个人恩仇，要有高尚的思想。对于医疗技术，则要精益求精，既精通医学理论，又精通各科知识和技术，包括手术、外治、诊断、食疗、调理、针灸、药理，等等。还要有不怕污秽的精神，特别指出对病人的脓血、粪便等排泄物，不嫌脏怕污。只有这样，才可以算得上是一个医德高尚的、技术超群的好医生。
藏医的医德规范，早在《四部医典》中就专辟一章
“治者医生”加以论述。这完全可以与世界几个著名的早期医德规范， 即古希腊医学希波克拉底的 《誓言》(公元前5世纪)、汉族医学孙思邈的《大医精诚》（7世纪）、阿拉伯医学麦蒙尼德斯的《祷文》（13世纪）相媲美。
藏医作为一种科学文化遗产，在现实生活中，可以发挥它不可估量的作用。它不仅为青藏高原的各族人民，为中华民族健康长寿服务，同样也为世界各国人民的健康服务。藏医作为一种自然疗法，具有很大的优点，为现代医学提供不少新思路、新思想和新方法。
