分化时间是宏观进化的内容，以某一特定类群的化石记录作为参照点，通过 基因序列间的分歧程度 以及 分子钟 来估计速率恒定分支间的分歧时间，同时计算系统发育树上其他节点的发生时间，从而推断相关类群的起源时间和不同类群的发生时间。
分子钟：一个特定的生物大分子（蛋白质或DNA）在所有的演化谱系中具有恒定的演化速率。其中，演化谱系是指不同类群。
Beast2软件基于多序列比对后的结果，按照mcmc（马尔可夫蒙特卡洛方法）构建贝叶斯进化树，而ML（最大似然法）和贝叶斯进化树对氨基酸/核苷酸替代模型的选择非常敏感，故在进行进化树或分化时间构建之前，需对氨基酸/核苷酸替代模型进行选择。
对氨基酸替代模型的选择基于prottest软件进行，对核苷酸替代模型的选择基于jModeltest进行。在基于同源蛋白构建进化树并计算分化时间的过程中，使用beast2软件前，通常先使用prottest软件对氨基酸替代模型计算AIC、BIC分值或DT来寻找最佳模型，分值越小越优；随后根据最佳模型参数，使用beast2软件进行进化分化时间估计，在计算完成后，对进化树进行一系列可视化并美化的操作。
示例1：基于单拷贝直系同源基因构建的NJ进化树示例图
示例2：基于beast2软件构建的贝叶斯进化树和分化时间示例图
流程：
具体参考：
https://www.sohu.com/a/209191217_761120