黑颈鸊鷉繁殖期5-8月。每年4月初至4月中旬迁入繁殖地,营巢于有芦苇或三棱草等水生植物的湖泊与水塘中。常成对或成小群在一起营巢,巢多筑在芦苇丛间或固定于芦苇丛上。通常营浮巢,较为简陋,系由死的水生植物堆集而成。巢呈圆台状,大小为15-20cm × 13-15cm,巢高16-45cm,露出水面部分为3-4cm,巢表面中心部分稍微内凹。
每窝产卵4-6枚,刚产出的卵为白色或绿白色,随着孵化逐渐变为污白色,卵的大小为39-45mm × 27-31mm。雌雄轮流孵卵,通常第一枚卵产出后即开始孵卵,孵化期约21天。雏鸟早成性,孵出后全身即长满了绒羽,孵出后的第二天即能下水游泳。
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