晚更新世的物种灭绝可能并非单一原因，而是由多种因素共同作用导致。生物学家罗斯·麦卡菲的研究揭示了一个引人关注的现象：在过去的500年里，大型哺乳动物的1/8已经灭绝，而上一个冰河期结束后，大型哺乳动物的3/4遭遇了同样的命运。麦卡菲注意到，这种人类与灭绝动物频繁碰撞的模式在史前和最近的物种灭绝中反复出现，暗示了人类活动可能扮演了关键角色。
在病毒层面，如埃博拉病毒和麦卡菲提出的超级病毒假说，可能扮演了重要角色。超级病毒被定义为能对所有年龄段的物种造成大规模杀伤力，导致物种数量锐减。虽然现有的病毒还未发现完全符合超级病毒特征的，但流感病毒的跨物种传播和金蛙物种的灭绝事件，提示了这种可能性的存在。
猛犸象的灭绝被认为可能与超级病毒有关。在人类到达北美的晚更新世，猛犸象的数量急剧减少。麦卡菲认为，人类的接触和新病毒的侵袭可能是猛犸象灭绝的关键因素。尽管猛犸象与人类共存了很长一段时间，但其繁殖周期和免疫系统的局限可能使其无法抵抗病毒的冲击。
尽管有部分理论认为大型动物如猛犸象是由于狩猎而灭绝，克罗维斯文化遗址的发现提供了证据，但这些遗址主要显示了对猛犸象的捕杀，并未直接证明其他大型动物的遭遇。实际上，克罗维斯人的狩猎目标更多是小型动物和植物，这使得滥捕滥杀可能并非大型动物灭绝的唯一原因。
此外，人类在美洲大陆的定居时间早于克罗维斯文化，这表明大型动物的灭绝可能发生在人类活动之前。在澳大利亚，地质沉积学研究表明，巨型动物如巨型袋鼠的灭绝可能与自然环境的周期性变化，如干旱与洪水的交替，而非人类活动直接相关。
晚更新世也称上更新世，年代测定为126000年（±5000年）至10000年，是第四纪中更新世的最后阶段，之后全新世开始。晚更新世大部分时期，冰川成为了这一时期的主宰，包括在北美洲的威斯康辛冰期（Wisconsin glaciation ）、欧亚大陆冰川时期。而许多巨型动物在此期间灭绝，并且这一趋势一直持续到全新世。此外，现代人类物种淘汰了其他人类物种。在晚更新世人类传播的足迹到达世界各大洲 ，除南极洲以外。