邓子龙是江西丰城人，嘉靖三十七年（1558）中武举，后江西有强盗肆虐，抢劫樟树镇，邓子龙应官府征召，讨平贼兵。此后累积战功，升任广东把总。
万历年间，邓子龙跟随大帅张元勋先后讨平了山贼、巨盗赖元爵、陈金莺、罗绍清等，其中贼首黄高晖逃跑被邓子龙从深山中生擒，因此，邓子龙又升任铜鼓石守备，随后又被提拔代理都指挥佥事，掌管浙江都司。结果有好事者声称要剥夺他的官职，万历皇帝认为邓子龙罪行较轻，正好麻阳民金道侣等结伙作乱，于是让邓子龙前去征讨，子龙不负众望，将其击破并解散金道侣团伙，接着五开卫士兵胡若卢等人率众叛乱被邓子龙以“声东击西”之计策消灭。
万历四年（1576年）夏，邓子龙奉江西巡抚潘季驯、兵巡金事周恩敬命，会同八地军队，取兵进五路、步步为营的战争策略，将李大銮起义军压缩至黄岗山地区；当义军需要供给之时，邓子龙又密令数十骑，假扮商人，混入义军老营，实行中间开花，迫使义军转移，然后歼击。
万历五年（1577年）11月，在邓子龙的指挥下历时三年多的李大銮起义被平定，李大銮、杨青山战死。 万历十八年（1590年），邓子龙被审讯时，孟养贼思箇叛乱，巡抚吴定让邓子龙戴罪立功受到万历皇帝的允许。随后邓子龙在吴定的统领下大败普应春、霸生叛军，以此为战功官复原职。然而不久之后邓子龙又被弹劾罢官回家。
万历二十年（1591年），思仁领导缅甸军队进攻孟养、蛮莫，邓子龙亲自率军击退了军队。
万历二十二年（1593年），邓子龙建元戎第，日以诗书自娱。 万历二十六年（1598年）四月丙辰，兵部上书让邓子龙任副总兵、统帅水军出征朝鲜，经明神宗同意后，邓子龙跟随陈璘东征。时李舜臣、李如松等人已将日军击溃，日军准备渡海逃回日本，邓子龙跟随朝鲜名将李舜臣率水军千余人在釜山海面上迎击日军，这就是著名的露梁海战。战斗中，邓子龙精忠耿耿，虽已年过七十，扔领二百人向日军冲锋，想夺得首功，杀敌无数。然而别的船将火器误投到了邓子龙的船中，因船起火，日军趁机反扑，邓子龙力战而亡，前来救援的李舜臣也共同殉难。
万历二十七年（1599年）九月，明神宗对东征朝鲜的将士论功行赏，赠邓子龙都督佥事，有一子因此为官，朝鲜还修建庙宇纪念他。 朝鲜正祖后来发现《明史》之中的庙祀朝鲜朝鲜并没有执行，于是下令将邓子龙的牌位立于康津诞报庙中，与陈璘等将一体祭祀。
