巴彦淖尔市商务局内设五个核心科室，各司其职，确保商务工作的高效运行。
首先，办公室主要负责日常政务协调，包括会议组织、公文管理、秘书事务等，并参与政策文件起草、宣传信息管理和机要保密。此外，他们还负责机关制度建设、财务管理、电子政务和网络管理等工作，以及机构编制、人事管理、干部培训和考核等工作。
在对外贸易规划方面，办公室负责拟订中长期发展规划和年度计划，并研究市场趋势和提出对策建议。他们监测和分析贸易运行，发布相关数据，组织商务课题调研，推动流通服务业发展，规范现代流通方式，并指导零售、批发等行业管理。
接下来是贸易科，主要负责执行国家对外贸易政策，管理边境贸易和加工贸易，监控进出口产品，协助中小企业开拓国际市场，并参与贸易相关税费政策的制定。此外，贸易科还处理涉及世贸组织的事务，包括争端解决和数据库维护，以及对外贸易经营和国际货运代理工作。
市场科的工作重点在于市场体系的建立和规范，打破市场垄断，促进内外贸结合。他们指导市场体系建设，监管拍卖、典当等活动，并负责市场运行分析、预测和调控。
在投资领域，投资科负责外商投资的宏观指导和管理，制定并执行相关政策，审批外商投资项目，以及对外商投资企业的相关管理工作。
最后，经济合作科负责对外经济合作的政策制定，管理境外加工贸易和资源开发项目，指导对外承包工程和劳务合作，参与企业对外投资和援外项目。