中华人民共和国深圳海事局的主要职能在于执行国家在海洋管理、环境保护、水上交通安全、航海保障、船舶检验等方面的法律法规。该局根据国家法律和相关国际条约，结合深圳地区的实际情况，制定并监督执行相关细则。
其职责包括负责国际和国内航行船舶的船舶登记，以及船舶法定配备的操作手册和文书审核签发工作。对于外国籍船舶，深圳海事局负责管理工作，并处理外国船舶进入未开放水域或港口的申请，按照规定程序进行审批。
在资质管理方面，深圳海事局根据授权制定船舶检验、引航机构和船员管理公司的标准，审核与监督其资质及质量体系，指导船舶所有人和经营人遵守相关法律、法规和国际公约。
海事局还负责船员、引航员等专业人员的适任资格、培训、考试和发证工作，包括船员服务簿发放、海员出入境证件管理，以及船员专业和特殊培训的监督和考试。
在应急响应和安全监管方面，深圳海事局负责防台、水上搜寻救助，处理水上交通事故、污染事故和违法案件。其工作范围还包括港口国监督、船舶安全检查、危险货物运输安全监督、船舶靠泊安全和防止水域污染等。
此外，海事局还负责沿岸国管理、海区巡逻、通航环境管理，审核水上水下施工活动，划定锚地和重要水域，以及发布航行警报。对于特定区域内的沉船沉物打捞和碍航物清除，也需进行审批。
在船舶检验和航标管理方面，深圳海事局负责区域内海上干线公用航标和重要港口航标的规划和维护工作。同时，进行水域检测、测量、水文观测，编印航海图书资料。
最后，海事局负责指导或直接负责本区域的水上安全通信工作。
中华人民共和国深圳海事局（简称深圳海事局）是对深圳辖区水上交通安全实施监督管理的主管机关。依据《中华人民共和国海上交通安全法》、《中华人民共和国海洋环境保护法》、《中华人民共和国内河交通安全管理条例》等法律法规赋予的职权，负责辖区水上交通安全和防止船舶污染工作，同时承担深圳海救分中心日常事务，实行交通运输部和深圳市人民政府（受广东省人民政府委托）双重领导、以交通运输部为主的管理体制。