新生儿心肌炎的发病原因主要归结于感染，其中病毒感染最为常见，尤以柯萨奇B病毒为代表，占病原体的大部分。已知B3、B4、B5等型病毒被分离出来，同时ECHO病毒、巨细胞病毒、风疹病毒、水痘病毒及腺病毒等亦能引起心肌炎。在新生儿室内，流行病毒主要为柯萨奇和ECHO病毒，而巨细胞病毒、风疹病毒和水痘病毒则常在妊娠期感染胎儿，导致新生儿早期发病。此外，细菌、螺旋体、立克次体、真菌、原虫等也可作为病原体导致心肌炎。病毒感染心肌可在宫内、产时或生后发生，孕妇宫内感染时病毒可通过胎盘传播给胎儿。心肌炎在婴儿室、母婴同室及产科易发生暴发流行，病情严重，病死率高。
心肌炎最常见的病因是多种病毒感染，根据相关数据显示，已发现有超过三十种病毒可引起心肌炎。其中，柯萨基病毒、埃可病毒、冠状病毒等是最常见的病毒。此外，流感病毒、鼻病毒、腮腺炎病毒、水痘病毒、疱疹病毒、星状病毒、轮状病毒等其他病毒亦能导致心肌炎。乙型肝炎病毒也可能引起心肌炎。
细菌感染也是心肌炎的另一常见病因。金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等细菌引发的严重败血症、休克，以及外科手术后的感染，均可能导致心肌炎。这些细菌在人体内生长繁殖，释放出大量毒素，这些毒素的毒性很大，可以损害大脑、肾脏、肺、心脏、肝脏等器官，从而导致器官受损。
中毒也是心肌炎的另一个潜在原因，包括农药中毒、药物中毒、蛇毒、蜂毒、食用野菌中毒等。这类中毒可以引起免疫系统的异常反应，导致心肌炎。
结缔组织疾病，如风湿热、红斑狼疮等，也可能导致心肌炎。这些疾病通过免疫系统攻击身体的组织，可能影响到心肌。
最后，肿瘤侵入心肌也是导致心肌炎的原因之一。肿瘤可能直接侵袭心肌组织，引发炎症反应，导致心肌炎。
新生儿心肌炎是在新生儿期由多种因素引起的局灶性或弥漫性心肌间质炎性渗出和心肌纤维变性、溶解和坏死，导致不同程度的心肌功能障碍和全身症状的疾病。临床表现不典型，较难早期发现而易延误治疗。主要由感染引起，以病毒感染为多，可在婴儿室，母婴同室及产科发生暴发流行，病情严重，病死率高，应引起重视。