吴中区审计局的内设机构及职能如下：
1. 办公室: 负责起草和审核各类文件、报告及管理制度，涵盖审计调研、审计计划、信息管理、档案管理等任务。此外，办公室还负责局机关的资产管理、行政经费核算，以及电文处理、保密、信访、安全保卫等工作。他们还负责审计执法、复核和行政诉讼事项，人事管理、老干部服务，对内部审计和乡镇审计进行业务指导与监督。同时，办公室还负责专业技术资格考评、审计业务培训和计算机管理工作，由负责人胡民强负责。
2. 财政金融审计科: 主要审计本级预算执行和财政收支，涵盖区属各镇（区）政府预算执行、财政决算及预算外资金管理。他们审计国家（国有）金融机构，并对国有企业、国有控股企业及国有资产占主导地位企业的资产、负债、损益进行审计。此外，还负责外资项目财务收支审计，由樊雷华领导。
3. 行政事业审计科: 主要关注财政拨款专项资金的使用和管理，以及有关部门专项资金和社会捐赠资金的筹集、管理、使用情况。该科审计区级机关和事业单位的财务收支，由纪莉莉担任负责人。
4. 固定资产投资审计科: 主要负责区属固定资产投资项目预算执行和决算审计，组织专项审计和审计调查，施炳弟担任该科负责人。
最后，经济责任审计科 负责对区党政机关、群众团体等单位主要负责人的任期经济责任进行审计，确保公共资金的合理使用和经济责任的履行。