1954年1月由卫生部接管，更名为卫生部机关卫生处直属第三医院。 1957年由北京市卫生局接管，改名为北京市鼓楼医院，有职工170余人，设有内科、外科、妇产科病床120张，门诊量达到800～1000人/日。 1969年一度改名为红旗医院。医院共有职工达264人，设病床120张，门诊量达到1500余人次/日。当时医院具有“小协和”的美誉。 1970年1月，医院执行“六·二六”精神，全迁至青海省，一部分到青海省大通县医院，一部分到青海省玉树洲立医院。 1970年5月，东城区景山医院与鼓楼医院留守人员合并建立了东城区红旗门诊部。当时有职工70余人，设有西医内科、外科、儿科、妇科、中医内科、精神科、骨按科、放射科、化验室、中西药房、注射室、保健科、挂号室、人事科、总务科、会计室等。 1974年5月，由北京市东城区卫生局接管并改建为东城区中医医院。增设了急诊室、理疗科、皮科。 1979年，更名为北京市鼓楼中医医院，并建立家庭病床科，在全市率先开展送医送药上门服务，传授防病常识，受到卫生部、市领导的肯定。 1993年3月，经北京市中医管理局批准，成立了全国唯一的一所“京城名医馆”，由原卫生部部长崔月梨、著名肝病专家关幼波教授任名誉馆长，陈文伯教授任馆长，聘请国家级名老中医专家60余名定时应诊、会诊、特诊、咨询、函诊，为患者提供高质量的医疗服务。 1996年11月6日，成为北京联合大学中医药学院教学医院，更名为北京联合大学中医药学院附属鼓楼中医医院。 1997年3月，原安定门医院全体并入鼓楼中医医院。 1997年9月，通过北京市中医医疗机构评审委员会评审，成为“二级甲等中医医院”。 1998年列入北京市涉外医院。 2008年，更名为北京市鼓楼中医医院。 2010年，被授予“国家中医药发展综合改革试验区建设示范基地”、“北京市社区中医药人才培养‘回归扎根’工程中医类别全科医师岗位培训临床实习基地”。
2011年12月获得了 市旅游发展委员会和市中医管理局联合为首批中医药文化旅游示范基地授牌。
