目前微生物采油工艺按其注入、生产方式大致分为微生物单井吞吐法与微生物驱法[50]。
微生物单井处理微生物采油技术可用于油井处理，以增加产量。微生物及其营养物通过套管环空注入近井地层,然后用一定量的液体(通常是地层水或2%～3%KCl溶液)顶替，一般关井24小时到7天，然后开井生产。整个过程3至6个月重复一次，微生物有机会进入更深的地层，作用于更多的残余油。微生物处理井筒主要目的是生产维护,虽不具清蜡功能，但有防蜡作用，技术难度不大，可大规模应用。微生物单井吞吐技术微生物单井吞吐采油的处理对象是近井地层，需要菌种在地层中生长代谢，应筛选厌氧或兼性厌氧型的微生物，具耐温等性能。现场应用时一般需要补充有机营养，并关井一段时间。
微生物驱法是通过微生物作用于整个油藏，提高产量和采收率。在注水站的贮水罐中加入微生物，无论是连续注入还是阶段注入，微生物都能通过注水系统以正常速度注入地层。该项操作几乎无须改动现有的注水流程，且常规注水制度不必中断。微生物驱油技术现场微生物驱油从注水井挤注微生物，处理对象是大面积地层，对微生物的要求与单井吞吐相同，只是微生物及营养物的用量都比单井吞吐大得多。这是微生物采油技术发展的主要方向,能真正提高采收率。
微生物采油两种工艺基本操作顺序相同[39]，在此举例说明其操作顺序。在温度保持恒定的厂房将微生物注入培养罐，培养至必要的菌体浓度。然后通过混合罐与无机盐水及营养源培养液混合，制成设定浓度的菌体悬浊液，用注水泵从注入井注入油层。实施水驱的油田，最好利用注水管线泵等现有设施进行MEOR。单井吞吐是一种间歇的生产过程，关闭油井一定时间后投入生产，反复这一循环。微生物驱是一种连续的生产过程，从注入井注入微生物及营养物质，由生产井采出原油。在试验过程中通常要计测各种流体的产出量，计测原油流前缘的推移，采集产出液的样品，与试验前预先测定的基线值比较，进行MEOR评价。必要时通过各种测试(压力衰减，失踪剂等)进行评价。
目前我国现场实施微生物采油主要是单井处理，分为“套加”(将菌种加入套管环空，只处理井筒、管柱)和“挤注”(在加菌液后加顶替液，将菌液挤入近井地层，也称单井吞吐)，应用最多的是套加，相当于加化学降黏剂。现场一般只需要考虑菌液的稀释、混配、计量和注入过程(方式，周期)，可以并入已有的注水流程[51]。1995～2002年，大庆、胜利、大港、中原、沈阳、华北、辽河、冀东、克拉玛依、青海和新疆等油田以及西南石油学院[16，28，52~55]开展了单井处理现场试验，其中一些取得较好的效果。
微生物驱油技术日趋成熟，已在国内外得到较广泛的现场试验和应用。大港油田油气开发已进入注水开发的中后期，采油速度逐年下降，综合含水逐年上升，油田稳产难度越来越大，为此，大港油田2001年与俄罗斯合作，在孔店油田试验区块(62℃)进行内源微生物驱油现场试验，室内实验证明该内源菌能以原油为碳源，在生长代谢过程中乳化原油[17，56]。港西油田四区明三油组和港东油田二区七断块的试验成功，为微生物驱油技术进一步研究与应用提供了借鉴。胜利油田通过注水系统批量注入微生物，微生物驱油涉及井组甚至一个区块，最终在生产井见到增油或降水的效果。胜利油田也准备进行内源菌驱油试验。对于微生物驱油事先最好作微生物驱可行性研究（包括适应性评价，物理模拟和微生物驱矿场试验等）[14]。 在微生物采油技术研究中，为了完善注入微生物的选择，对油层环境适应性，注入微生物与油层本源微生物竞争特性，添加营养源和提高原油采收率进行探讨，同时为了准确分析和客观评价MEOR现场试验效果，要求了解目的菌的生长繁殖状态、在多孔介质中的扩散、运移状况、地层流体及地层本源菌对目的菌的影响等，应该定期监测众多特征参数(如注水井的压力，生产井的产量、含水，产出液的微生物含量，主要代谢产物含量，水相的pH，油相和气体的组分等)的变化，才能发现规律，所以有必要对油层环境中的注入微生物进行动态监控[57]。
若为井筒处理，油井的电流和负荷应有变化；若为单井吞吐，油井的液量或含水、甚至动液面应有变化。现场进行微生物活体分析时，井口禁止动火，不能对取样口热消毒，也不宜用药剂消毒而污染样品，无菌、厌氧取样难度很大，能在井下密闭取样最好。这方面的研究和设计目前还是空白。微生物驱油现场监测方面报道最多的是产量变化。
作为MEOR注入微生物的检出和识别手段，虽然有生物化学形状试验法、选择培养基法及免疫学法等报道，但这些方法都存在着识别灵敏度或操作简便性问题。从多样化油层采集的众多未知微生物群中，高灵敏度而且简便地检出和识别注入微生物，这些方法不一定是有效的。传统方法有显微镜目测法和平板记数法。显微镜直接目测法直观快速，但对死菌、活菌不好分辨；平板记数法可解决活菌记数问题，提高活细胞浓度测试的准确性，但难以区分菌的种类，无法解决细菌的准确分类问题。有人提出应用PCR技术和FISH荧光染色技术[58~59]。通过限制酶处理由PCR扩增的基因所检出的断片，能迅速简便地判断细菌间的系统和分类学差异，区分地层中原有微生物和注入的微生物，可基本满足监控细菌的要求。这虽然难度大些，但应该非常精确。常规的PCR RFLP法实验时间较长，最快也需要4天才能完成检测和分析工作，不能及时指导菌种放大发酵及矿场注入等试验研究工作，而且试验费用高，需要完善和改进。
