其实没有明显的界限，如果非要区分的话传统的化学合成工艺没有生物活性的大分子（蛋白质、核酸等）或微生物的参与，而是通过人工设计的合成路线，以经典的有机反应进行合成的生物技术的引入主要体现在生物活性分子，如各种酶，参与到合成中，最大的优势在于反应的选择性提高、反应条件更温和、反应速率也有一定的提高，同时微生物参与的合成则更为便捷，如染色体被修改了的大肠杆菌已经被用于合成药物，只需要提供含有人工合成的原料的培养液，大肠杆菌体内的各种酶就能利用这些原料来合成药物生物药物是生物制品,药效比化学药物的高,同时它的毒副作用较小,而化学药物它的成本虽然较低,但毒副作用较高,同时用多就会有耐药性.化学药物是通过化学反应合成的药物发 各有优点，生物技术主要是有机合成特别生物活性物质合成如胰岛素（现在用细菌转基因生产），疫苗用动物活体或器官培养，这些化学合成成本高或者几乎不能合成，但其缺点是反应环境等要求苛刻，而且反应物含有异性蛋白易导致过敏等.但很多药物都是化学实际反应通过很多步骤合成特点产量大，但副产物多收成率低和污染环境.生物药品不需要肝肾代谢是体内活性物质，而化学药物很多需要肝肾代谢长期应用会损害肝肾.
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