中山市疾病预防控制中心的机构设置主要包括以下几个部分：
1. 办公室：负责中心的工作计划、文件管理、会议组织、人事管理、接待、信息化网络建设和物资采购等日常管理工作。其中包括设备资产管理、安全保卫、环境卫生等综合事务。
2. 业务管理科：负责协调中心业务，确保质量管理体系有效运行，包括科研管理、职工教育、健康教育活动、公共卫生医师考核以及样品管理等工作。
3. 财务科：承担财务预算编制、监督收入支出、专项资金管理、工资核算、财务分析和固定资产综合管理等职责。
4. 卫生防疫科：负责传染病监测、疫情报告、重大疫情调查及控制、免疫规划和病媒生物防治等工作。
5. 中山市艾滋病防治所：协助制定防治策略，负责艾滋病监测、预防控制和宣传教育等工作。
6. 公共卫生与食品卫生科：负责公共场所和食品安全监测、学校卫生、食品污染物监测及碘缺乏病防治等。
7. 职业病防治所：进行职业病危害评价、预防控制和健康监护，以及职业卫生宣传。
8. 职业健康监护中心：提供职业健康检查、特殊诊疗服务和放射卫生防护监测等。
9. 检验科：承担微生物和理化检验，包括疾病监测、食品卫生、消毒效果检验和放射卫生技术指导等。
中山市疾病预防控制中心设有9个科室，在册工作人员148人，中心固定资产原值3270万元，拥有气质联用仪、离子色谱仪、气相色谱仪、高效液相色谱分析仪、全自动细菌鉴定及药敏分析仪、水质流动注射分析仪、全自动定量荧光PCR系统等一大批先进的进口设备。同时我中心已通过中国实验室国家认可、CMA计量认证和省卫生监督检验检测机构认定，是市科技兴医“十五”规划重点实验室，是市唯一获得省卫生厅认可，具备从事职业性健康检查和职业病诊断资格的机构，现为中山大学公共卫生学院、广东药学院的教学基地。