在农村离婚后，法院判决房子归女方三间，但户主不同意分户的情况下，可以采取以下步骤：
协商解决：首先，尝试与户主进行协商，解释法律依据和判决结果，争取达成一致意见。根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十七条的规定，离婚时夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。
法律途径：如果协商不成，可以通过法律途径解决。根据相关法律规定，离婚后的房产分割应当遵循平等原则，确保女方的合法权益。可以向法院提起诉讼，要求强制执行法院的判决。
办理分户手续：在法院判决生效后，可以依据生效裁判文书，向当地派出所户籍处申请办理分户手续。带上户口簿等相关材料，按照规定程序办理分户。
宅基地使用权问题：需要注意的是，农村房屋所占用的土地所有权属于农村集体经济组织，农民对其房屋下的土地只享有土地使用权。因此，在分割房屋时，还需考虑宅基地使用权的问题。
通过以上步骤，可以合法合理地解决农村离婚后房产分割及分户问题，确保女方的合法权益得到保障。