扁桃体（包括增殖体）是个重要的免疫器官，受抗原刺激后T细胞成为效应淋巴球，参与细胞免疫；B 细胞变成浆母细胞，产生浆细胞和免疫球蛋白参与体液免疫。扁桃体产生的IgA 免疫力强，可抑制细菌对呼吸道黏膜的黏附、生长和扩散，对病毒有中和与抑制扩散作用；IgA 还可通过补体的活化，增强吞噬细胞功能。这些作用在2 ～ 5 岁幼儿最为活跃。从免疫观点来看，绝不应在幼儿免疫未充分形成之前将扁桃体切除。幼儿扁桃体肥大，常常是生理现象，是免疫活动正在增长的表现，也可能是过敏反应的表现。幼儿扁桃体肥大未影响呼吸或吞咽者，不应行扁桃体摘除术。但扁桃体若已有病变，则可成为病灶而损害机体。病灶性扁桃体炎可引起风湿病、心脏病或肾脏疾病。这种扁桃体已由免疫器官变成超免疫器官，由防御器官变成感染的侵入门户和病灶，应尽早将扁桃体手术摘除。
除此之外，在患儿，特别是年幼儿，扁桃体高度增生，使上呼吸道部分阻塞，以致睡眠时出现阻塞性呼吸暂停，由于长期缺氧和二氧化碳的蓄积，可导致肺动脉高压，会引起扁桃体- 肺心病、扁桃体-脑综合征等疾病，这种扁桃体也应尽早手术摘除。