1. 办公室: 负责机关的整体协调工作，包括机要文书、档案管理、保密与信息公开，以及重要文件的督查和纪检监察报刊的征订与发行。
2. 干部室: 管理纪检监察系统的组织建设和干部队伍建设，负责派驻机构纪检监察干部的统一管理，以及区纪委监察局机关的机构编制、干部调动和党风廉政建设审核工作。
3. 研究室（政策法规室）: 负责纪检监察工作理论、政策研究和法规执行的监督检查，起草重要文件和领导讲话，审核纪检监察机关的规范性文件。
4. 宣传教育室: 负责党风廉政建设的宣传教育、纪检监察宣传报道、干部业务培训，以及廉政网站的运行和维护工作。
5. 信访室（顺义区人民政府举报站）: 接收对党员、党组织和工作人员的检举控告，处理申诉，筛选案件线索，督办重要案件，并指导基层纪检监察信访举报工作。
6. 案件审理室: 负责审理违犯党纪政纪的案件和申诉案件，以及指导基层案件审理工作。
7. 案件检查室（案件管理室）: 负责案件查处工作，负责案件综合统计、分析和信息反馈，协调执法执纪机关的案件办理。
8. 执法监察室: 监督检查国家行政机关的政策执行情况，负责行政问责，并负责执法监察的综合工作。
9. 纠正部门和行业不正之风工作室: 负责政风行风建设，管理政府特约监察员，查处部门行业不正之风案件。
10. 领导干部廉洁自律工作室: 执行党风廉政建设责任制，负责领导干部廉洁自律工作，管理廉政风险防范信息系统，并查处违反廉洁自律规定的案件。
11. 顺义区行政投诉中心: 接收并调查处理行政行为违规的投诉，负责行政效能监察工作，处理市行政投诉中心转交的案件。