综合处
负责办公室规章制度建设，管理办公室行政事务，文秘、人事、外事、公文档案、固定资产、财务、会议服务等工作，组织实施科技奖励质量管理体系等。
政策研究处（督查处）
负责组织、参与国家科技奖励政策、法规的研究与制订，归口管理软课题研究，负责国家科技奖励工作的监督、异议处理、组织项目考查，归口管理办公室宣传工作、负责办公室出版物管理，省部级奖备案，联系并指导地方和部门的科技奖励工作等。
信息处
负责制订年度工作计划、组织国家科技奖励评审、制订评审规则、组建评审机构、组织国家科技奖励信息化建设、业务档案管理、相关数据统计、分析、综合与发布、奖励证书的印刷和发放等工作等。
农业与社会发展奖励处
负责组织国家技术发明奖和国家科学技术进步奖农业与社会发展相关领域项目形式审查、专业组评审、参与对相关领域项目的考察和异议处理工作等。
工业奖励处
负责组织国家技术发明奖和国家科学技术进步奖工业领域项目形式审查、专业组评审、参与对相关领域项目的考察和异议处理工作等。
人物奖励处
负责组织对国家最高科学技术奖、国际科技合作奖的初评、国家自然科学奖学科组评审，参与对获奖候选人及候选项目的考察、异议处理、开展科技奖励的国际交流与合作、组织境外设立科技奖的推荐、组织科技奖励国际论坛等工作等。
专项奖励处
实施对专用项目奖励工作的管理、编制专用项目年度评审工作计划、组织受理、协调专用项目的推荐、形式审查、评审，参与项目考察、异议处理等工作。
社会奖励处
负责社会力量设立科学技术奖登记、指导、考核、年检和监督，指导省级社会力量设奖管理工作，组织何梁何利奖的推荐、评审及颁奖活动等。
科技成果管理处
负责全国科技成果管理工作，承担科技成果登记、统计、成果库和成果网的管理等工作，编制科技成果管理工作的发展规划及年度计划，承担科技保密的日常管理工作，组织科技成果管理与科技保
