（一）问题处理的原则
本次矿业权实地核查以摸清矿业权家底，获得全面、真实、可靠的矿业权基本数据为主线。对于矿业权实地核查中发现的问题，应按照“尊重历史，照顾现实，明确政策，妥善处置”的原则，按照不同的性质，进行分类处理。问题的处理要有利于推进全国矿业权实地核查工作按时完成，不能因为问题处理而影响了后续矿业权实地核查工作的进行。对于存在争议、一时难以解决的问题，要注明争议原因，提出处理方案，为日后解决提供参考。
按照上述问题处理原则，根据问题法理分析，本次矿业权实地核查发现问题处理的总原则是：对核查过程中发现的问题，要按照不同性质，进行分类处理，属于地质资料不准、技术手段落后等客观原因导致的问题，在不影响其他矿业权人权益的前提下，原登记管理机关可按照实际情况予以变更登记；对于矿业权人主观原因造成的问题，由国土主管部门依法处理。
在问题处理中，还应遵循以下原则：
（1）谁发证、谁处理。根据我国法律规定，我国实行矿业权分级审批登记制度。探矿权和采矿权必须经过主管机关的审批登记、颁发矿业权许可证的方式取得；主管机关依据法律授权的权限行使不同的发证权；当矿业权的内容发生变化时，应到原发证机关办理相应的变更、注销等手续。矿业权实地核查发现的问题只有审批登记的机关才有权对其进行审核和变更。对同一行政区划内，不同级别的发证机关所发的采矿权存在争议的，由上级发证机关协调后，按照以上原则处理；跨行政区划的采矿权存在争议的，由双方发证机关协商解决，协商达不成一致的，由双方发证机关的共同上级国土资源主管部门处理。
（2）先易后难、循序渐进。对于核查中发现的问题，一般应本着先易后难、循序渐进的原则进行处理。要对矿业权核查中发现的问题进行归类，对于一般登记项缺失等对矿业权人权益影响较小的、比较容易处理的问题，应做到一旦发现及时处理，提高工作效率；对于矿界争议等对矿业权人权益影响较大，或发证机关比较难以处理的问题，充分考虑历史成因及矿业权现状，以审慎的态度进行处理，保证行政执法的公平性。
（3）时间在先、权利优先。矿业权在法律属性上属于用益物权，在同一空间范围内不应该同时存在两个或两个以上相互冲突的矿业权，在此情况下先设立的矿业权应当排斥后设立的矿业权，即先设立的矿业权是有效的，后设立的矿业权被排斥并消灭。因此，在矿业权实地核查过程中，如果发现对同一范围重复许可造成矿界交叉重叠等现象而发生两个或多个矿业权发生冲突时，应本着“时间在先、权利在先”的原则进行处理，以保护设立在先的矿业权人的合法权益。
（4）协商解决与行政执法相结合。协商解决和行政执法是两种性质有所不同的处理方式，协商解决的问题大都是平等主体之间的民事纠纷，而行政执法所解决的问题往往是行政问题，即行政主体动用行政权力作用于行政相对人的过程。在矿业权实地核查过程中，对矿业权人存在争议的，如矿界存在交叉重叠的情况，国土资源主管部门应本着优先适用协商调解的方式进行处理，不仅较为高效、公平地解决了问题，而且也为以后的矿业权变更打下基础。而对于那些带有强制性的行政执法问题，则应通过行政裁决、行政处罚等方式加以处理。
（二）问题处理方法
1.矿界位移
对于属于客观原因所致的矿界位移问题，在不影响其他矿业权人权益的前提下，原登记管理机关可按照实际矿区范围予以变更登记。处理时应查看该矿区申请时的材料，如果原矿区地形图上的地物现在实地还存在，则实测这些地物的拐点获得坐标，然后再从矿区地形图上图解相对应的坐标，在计算机上进行处理找到转换关系，将原图进行平移、纠偏，然后在经处理的图上进行矿区拐点坐标的查询，并用这些坐标到实地放样；如果找不到对应的明显地物，本着尊重历史、妥善处置的原则，由县、市国土资源部门、矿业权人和核查承担单位共同到达现场，征求矿业权人意见，共同确认界址并埋设界桩后，由核查承担单位进行现场实测。上述情况均要求矿业权人向登记发证机关提出纠正矿区范围申请，以矿业权变更的形式为其办理变更手续。
2.矿界交叉重叠
根据协商原则以及时间在先、权利优先原则，在处理矿业权边界交叉重叠问题时，可以采用如下方法：
对于探矿权之间的交叉重叠的，应由当事人协商解决；协商不成的，由发证机关中级别较高的登记管理机关裁决。
对于采矿权之间的交叉重叠的，应由当事人协商解决；协商不成的，由矿产资源所在地县级以上地方人民政府根据依法核定的矿区范围处理；跨省、自治区、直辖市的矿区范围争议，由有关省、自治区、直辖市人民政府协商解决；协商不成的，由国务院国土资源主管部门提出处理意见，报国务院决定。
对于探矿权与采矿权的交叉重叠的，应经过当事人进行协商，协商不成的，由发证机关中级别高的登记机关进行裁决。
3.超层越界
根据造成超层越界问题原因的不同而采取不同的方法。如果造成超层越界勘查和开采是因为地质资料不准确或原来测量精度不够等客观原因造成的，其超出原界的部分又没有其他争议，应报告相应的国土资源主管部门，由其责令矿业权人提交相关情况说明。对符合扩界条件的，可以由矿业权人按实测结果申请划定矿业权范围，办理矿业权变更登记；对不符合扩界条件的，可责令退回原矿区勘查和开采。
如果是因为矿业权人主观原因造成超层越界开采的，可依照相关法律责令其退回本矿区范围内勘查开采、没收违法所得并可处以一定数额的罚款；拒不退回本矿区开采造成矿产资源破坏，还可处以吊销采矿许可证的处罚。除吊销许可证的处罚外，在不影响其他矿业权人合法权益且符合扩界条件的，矿业权人也可以申请重新划定矿权范围，办理矿业权变更登记。
4.一般数据项不一致及其他问题
经核查，矿业权登记库信息不全或不正确的，分两种情况：①如果属于矿业权人的主观原因未能填报具体信息或出现变更事由后没有及时申报，应视探矿权、采矿权种类之不同分别按照《矿产资源勘查区块登记管理办法》第三十条或《矿产资源开采登记管理办法》第二十二条的规定，责令矿业权人限期改正，逾期不改正的，由原发证机关吊销相应的证照；②如果属于登记机关管理人员的原因漏填或误填的，应及时通知矿业权人按实际核查情况提交补正申请，并予以更正及公告。对库证不符的处理，根据物权法的规定，应以登记库信息为依据，除非经过这次核查证明信息库确有错误的，则以实际核查的信息为准予以更正并进行公告。
（三）勘查许可证与采矿许可证变更程序
（1）矿业权人申请。申请人需提交以下资料：矿业权变更申请书、文字资料及图纸等。
（2）发证机关审核。对申请材料进行审查，查阅实地核查数据及报告，必要时征求核查承担单位意见。需现场复核的，待现场复核后对符合条件的予以变更。
（3）对变更内容予以公示。
（4）颁发新的勘查或采矿许可证。
（5）以变更后的勘查或采矿许可证数据为准，更新登记数据库。
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