1965年8月，随着三线建设的需求，卫生部决定大连医学院整体南迁至贵州省遵义市。经过近3年的筹备，1969年4月至6月，学院师生、第一附属医院人员连同设备一同迁至新址，原大连医学院更名为遵义医学院。
然而，自1966年开始的文化大革命期间，长达10年的动荡给学院造成了严重损失。1969年南迁后，大部分教职工于1981年起调回大连，导致师资力量、教学设备和科研能力的削弱。尽管如此，近十年来，遵义医学院在艰难条件下，通过加强师资队伍建设，保持教育规模，提升教学质量，逐步走上了稳健发展的道路，教学科研工作有所恢复和提升。
为了适应贵州省医药卫生事业的需求，遵义医学院在1978年之前只有1个系1个专业，但到1990年已发展至3个系，2个本科专业，4个专科专业，以及8个硕士专业。同时，学院开设了针对基础医学、临床医学、卫生事业管理等多个领域的进修班、培训班和专业证书班，以满足多层次的医学人才培养需求。在校学生总数在1989-1990学年度达到1600余人，包括1484名本科生（其中专科生210人），20名研究生，以及进修生和专业证书班学生等。
自1982年起，面对师资短缺，学院通过引进和培养相结合的策略，利用老教师的经验加速教师队伍的成长。尤其是对中年教师进行重任，并通过“送出去学习，引进专家指导”的方式，培育出了一批学科领军人物，推动了学院的持续发展。
遵义医学院是贵州省省属重点建设高等医学院校，坐落在风光秀丽的历史文化名城遵义。前身为大连医学院，创建于1947年，是中国共产党创办的第一所本科医学院校。1969年为支援“三线”建设，经国务院决定，举院南迁至遵义，更名为遵义医学院，是全国唯一一所坚持扎根革命老区没有回迁的本科院校。经过62年的艰苦创业，学校有了长足的发展，已成为多专业、多学科协调发展的高等医学院校。