30多年前，当科学家研究噬菌体对细菌的特定影响时，首次发现了限制性内切酶，它们是细菌抵御病毒入侵的关键工具，通过内部的DNA水解机制限制外源DNA。EcoR I、EcoR II、Hind II和Hind III等早期发现的酶，能在特定位置切割DNA，将基因拆分为小片段。
随着上世纪七十年代限制性内切酶的应用普及，如NEB等公司开始寻找更多种类。这些酶主要在原核生物中发现，通过大规模筛选数千种细菌和古细菌，研究人员发现它们在原核生物中普遍存在，几乎所有的自由生存细菌和古细菌都能编码限制性内切酶，对保护生物体免受噬菌体侵害至关重要。
科学家在80年代发展了克隆技术，将限制性内切酶的表达与原细胞环境分离，提高了酶的纯度和产量，降低了生产成本，并便于后续的测序和结构分析。克隆技术的应用极大地推动了分子生物学研究。
此外，限制酶图谱的建立，通过不同限制酶切割DNA的位置，帮助理解DNA的结构。在病原体变异、毒株鉴别和流行病学研究中，限制性核酸内切酶分析技术发挥关键作用，尤其在动物检疫中，它对于区分病毒的类型和来源具有重要意义。
限制性内切酶根据功能和识别序列分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ型，其中Ⅱ型酶（如EcoRI）因其特异性的识别和切割DNA片段而广泛使用。酶的识别序列通常具有回文结构，长度为4-6个核苷酸，长度和特异性决定了产物片段的长度和复杂性。
在实际操作中，酶切反应条件、底物纯度、反应时间等因素对结果至关重要。通过如病毒DNA提取、酶切反应、电泳分析等步骤，限制性内切酶在病原微生物DNA分析、DNA序列分析、重组技术以及建立DNA图谱等方面具有广泛应用价值。
核酸内切酶（endonuclease）在核酸水解酶中，为可水解分子链内部磷酸二酯键生成寡核苷酸的酶，与核酸外切酶相对应。从对底物的特异性来看，可分为DNaseⅠ、DNaseⅡ等分解DNA的酶；RNase、RNaseT1等分解RNA的酶。。一般来说，大都不具碱基特异性，但也有诸如脾脏RNase、RNaseT1等或限制性内切酶那种能够识别并切断特定的碱基或碱基序列的酶。[1]