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    • 将多个样本的vcf文件转化为Phylip输入格式的python脚本

    如题所述

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    第1个回答  2022-07-25
    但是phylip又不能直接把vcf文件作为输入文件，它的输入格式要求如下

    第一行的两个数字分别为样本数和SNP数目
    第二行的第一列为物种名称，一定要是10个字符的长度，长度不足可以用空格填充.第二列则是要用于比对的SNP序列。两列之间没有分隔符，而且后面的SNP每10个字符有一个空格.
    python脚本如下：

    可以选择输出fasta文件或者phy文件
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