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将多个样本的vcf文件转化为Phylip输入格式的python脚本
如题所述
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第1个回答 2022-07-25
但是phylip又不能直接把vcf文件作为输入文件,它的输入格式要求如下
第一行的两个数字分别为样本数和SNP数目
第二行的第一列为物种名称,一定要是10个字符的长度,长度不足可以用空格填充.第二列则是要用于比对的SNP序列。两列之间没有分隔符,而且后面的SNP每10个字符有一个空格.
python脚本如下:
可以选择输出fasta文件或者phy文件
相似回答
基于
vcf文件
构建进化树
答:
===第二种方法
转化vcf文件为phylip
格式
===
python
vcf2phylip.py --input myfile.vcf --fasta --nexus 然后,利用phylip构建进化树 phylip 在命令行中可以根据提示输入参数,也可以用含有参数的文本导入参数。利用 dnadist:计算距离矩阵,最耗时,几千个SNP可能需要1天甚至数天。 参数文本...
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