工程预付款计算时需要扣除暂列金额。
这就是一个硬性规定，暂列金额是业主的备用金，只有发生变更索赔时才会启用的资金，不构成工程实体，原则上不构成工程实体的费用不用来作为计算预付款基数。
这里的预付款只是材料备料款，目的是维持承包方的现金流，相当于借给承包方的钱，后期要扣除回收的，而措施预付款和安全文明施工费是
属于工程款，后期不扣除，只结尾款。
性质不一样，重点理解材料预付款就行了。另外还要说明一点，材料预付款不受支付比例的限制，你比如说每期结算按90%结，材料预付款就该多少就多少，扣的时候也是该扣多少扣多少。
而措施预付款包括安全文明施工费预付款就得扣掉10%再结（工程费嘛），这个费用就含有工程竣工之后的缺陷责任期质保金3-5%。
扩展资料：
工程预付款的扣还计算方式
1、按公式计算起扣点和抵扣额
原则：当未完工程和未施工工程所需材料的价值相当于备料款数额时起扣。每次结算工程价款时，按材料比重扣抵工程价款，竣工前全部扣清。
未完工程需主材总值=未完工程价值×主要材料比重=预付备料款
未完工程价值=预付备料款÷主要材料比重
起扣时已完工程价值=施工合同总值－未完工程价值
应扣还的预付备料款，按下列公式计算：
第一次扣抵额=(累计已完工程价值－起扣时已完工程价值)×主材比重
以后每次扣抵额=每次完成工程价值×主材比重例：某工程合同价款为300万元，主要材料和结构件费用为合同价款的62.5%。
例：某工程合同价款为300万元，主要材料和结构件费用为合同价款的62.5%。
合同规定预付备料款为合同价款的25%。则：
预付备料款=300×25%=75万元
起扣点=300－75/62.5%=180万元
即：当累计结算工程价款为180万元时，应开始抵扣备料款。此时，未完工程价值为120万元
所需主要材料费为120×62.5%=75万元，与预付备料款相等
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