欧洲经济共同体的组织机构由多个部分构成，其中包括理事会、欧洲理事会、委员会、欧洲议会和欧洲法院等关键组成部分。
理事会，原名部长理事会，是欧共体的决策核心，拥有大部分立法权。自1993年11月8日起，它承担了欧洲联盟范围内的政府间合作职责，改称为欧洲联盟理事会。该理事会分为总务理事会和专门理事会，总务理事会由各国外长组成，专门理事会则由各国其他部长参与。
欧洲理事会，即欧共体首脑会议，负责制定内部建设和对外政策的基本方向。自1975年起，首脑会议制度化，成为欧洲理事会，由各国国家元首或政府首脑以及欧洲共同体委员会主席组成，每年至少举行两次会议。根据《欧洲单一文件》和马约，欧洲理事会处于欧洲联盟中的核心地位，主席由成员国轮流担任，任期为半年。
委员会，即欧共体委员会，是常设执行机构，负责执行条约、决定、报告和建议，处理日常事务，以及进行对外谈判等。委员会由17人组成，成员根据国家数量分配，主席由首脑会议任命，任期两年；委员由部长理事会任命，任期四年。
欧洲议会作为监督和咨询机构，拥有部分预算决定权，并有权弹劾委员会。议员总数为518人，任期为五年。议会设有秘书处，会议分别在斯特拉斯堡和布鲁塞尔举行。
欧洲法院作为仲裁机构，负责处理执行条约和规定中的争端。审计院则负责审计欧共体及其机构的财务状况，确保其财政管理的正常进行，成立于1977年，由理事会在议会同意下任命的12人组成。
此外，欧共体还包括经济和社会委员会、欧洲煤钢共同体咨询委员会、欧洲投资银行等其他辅助机构，共同维护和推进其各项事务。
欧洲经济共同体，欧洲共同体中最重要的组成部分，人们常常把它和欧洲共同体混淆。根据1992年建立欧洲联 盟的《马斯特里赫特条约》，欧洲经济共同体更名为“欧洲共同体”(《欧共体条约》第一条)。