厦门市思明区人民法院的机构设置主要包括立案庭、刑事审判第一、第二庭、民事审判第一、第二庭、行政审判庭、执行庭、审判监督庭、莲前、滨海、鼓浪屿人民法庭、法警大队、纪检组、监察室、政治处、办公室、研究室等。
立案庭负责审查各类案件的起诉，决定立案或者裁定不予受理；刑事审判第一、第二庭负责审判各类刑事一审案件；民事审判第一、第二庭负责审判各类民商事案件；行政审判庭负责审判各类行政案件；执行庭负责执行生效法律文书；审判监督庭负责监督各类案件的审判工作；莲前、滨海、鼓浪屿人民法庭负责审理本庭管辖的一审民商事案件；法警大队负责维护审判秩序、执行传唤等警务活动；纪检组、监察室负责党内纪律检查和行政监察工作；政治处负责干部队伍的思想政治工作；办公室负责机关行政事务管理和后勤保障工作；研究室负责调研、信息、宣传工作和案件司法统计分析。
各机构根据其职责范围，负责处理各类案件，确保司法公正和高效。立案庭是案件的入口，负责审查案件，决定立案或驳回；刑事审判第一、第二庭负责刑事一审案件的审判；民事审判第一、第二庭负责民商事案件的审判；行政审判庭负责行政案件的审判；执行庭负责执行生效法律文书；审判监督庭负责监督审判工作；人民法庭负责审理本庭管辖的一审民商事案件；法警大队负责维护审判秩序和执行警务活动；纪检组、监察室负责纪律检查和监察工作；政治处负责干部队伍的政治工作；办公室负责机关行政事务管理；研究室负责调研、信息、宣传工作和案件司法统计分析。
各机构各司其职，协同工作，共同维护司法公正、高效，确保法律的正确实施。立案庭是案件处理的起点，刑事审判第一、第二庭负责刑事案件的审判，民事审判第一、第二庭负责民商事案件的审判，行政审判庭负责行政案件的审判，执行庭负责执行生效法律文书，审判监督庭负责监督审判工作，人民法庭负责本庭管辖的一审民商事案件的审理，法警大队负责维护审判秩序和执行警务活动，纪检组、监察室负责纪律检查和监察工作，政治处负责干部队伍的政治工作，办公室负责机关行政事务管理，研究室负责调研、信息、宣传工作和案件司法统计分析。各机构分工明确，协同工作，确保司法工作的顺利进行。