龙南县环境保护局内部设有五个主要职能股（室），负责环境保护工作的各个方面。
负责全局的机构管理、人员配置、劳动工资、职称评审等工作，以及内外联络、综合协调。承担文秘、人事、档案、综治、信访、计生、信息、保卫、保密等职责，参与重大污染事故调查和环保执法检查，处理违法事件，推广环保科技成果，组织宣传教育和人员培训，处理公众环境信访举报，参与干部选拔和考核等工作。
从源头预防污染，执行国家建设项目环境管理政策，监督环保技术标准，参与国土、城市规划审查，负责建设项目环境影响评价和验收，管理环境监测工作，处理污染纠纷和事故，制定污染源治理规划和措施，推动清洁生产循环经济发展。
执行污染防治法规，监督水源保护，管理污染源防治，负责重点污染源治理和应急处置，监督危险废物和辐射工作，管理废物进出口，组织生态保护和农村土壤污染防治，指导生态示范建设和农村环境整治。
承担全县污染减排工作，实施总量控制，制定经济政策，管理排污权交易，负责总量指标核定，监督减排计划实施，核算污水处理厂处理效率，建立减排项目台帐。
负责部门行政审批和非行政许可事项审批，排污费征收，建设项目环境影响审批，防治污染设施验收，废弃物排放许可，危险废物收集经营许可，排污许可证核发，生活垃圾设施核准等具体工作。