教育部实行一系列会议制度，以确保决策的科学性和效率。其中包括党组会、党组民主生活会、党组学习中心组会、党组务虚会、部长办公会和部长专题办公会。这些会议针对不同层次的议题和工作需求进行。
党组会，由党组书记召集主持，主要任务包括研究落实党和国家政策，制定教育改革措施，人事决策，以及加强党组自身建设。每月召开一次，议题由党组成员提出，经党组书记审定。会议纪要由党组书记签发。
党组民主生活会每年举行一次，由党组书记主持，聚焦党的作风建设与自我批评。党组中心组学习会议每季度召开一次，由党组书记主持，议题由直属机关党委和相关司局共同确定。
部长办公会由部长主持，主要处理重大教育工作事项和法律法规草案。根据工作需要，由部长决定会议频率和议题，纪要由部长签发。部长专题办公会由部领导主持，不定期召开，纪要由主持会议的领导签发。
对重要会议，如有特殊情况缺席，须提前请假。同时，教育部强调精简会议，节约资源，严格审批。司局（单位）的会议计划需提前上报办公厅，经党组会审定后执行，非计划内的会议需严格审批，尽量采用视频会议形式。
根据新修订的《国务院工作规则》的有关精神和要求，结合教育部工作实际情况，对2004年制定的《教育部工作规则》进行了修订。从十一个方面对教育部的工作进行规范和明确。