地方性斑疹伤寒的发病主要源于鼠蚤携带的莫氏立克次体通过人体皮肤破损进入人体引发感染。莫氏立克次体与普氏立克次体在形态和生化特性上相似，但DNA同源性研究显示两者并无直接关联。豚鼠阴囊现象，即接种莫氏立克次体后雄豚鼠阴囊肿胀，是区分两者的重要标志。大、小鼠对普氏立克次体不敏感，而家鼠是本病的主要传染源，通过鼠→鼠蚤→鼠的链式传播。鼠感染后多数不会死亡，只有在鼠蚤吸食其血后，人接触才会被传染。除家鼠外，牛、羊、猪、马、骡等也可能成为传染源。
病原体通过鼠蚤的吸血行为进入蚤体繁殖，蚤本身不因感染而死亡，病原体能在蚤体中长期存在。当蚤叮咬人时，会将含病原体的粪便和呕吐物排在皮肤上，若皮肤被抓破或蚤体破损，病原体即可入侵人体。此外，食用被病鼠排泄物污染的食物，甚至干蚤粪中病原体产生的气溶胶经呼吸道或眼结膜也能导致感染。螨、蜱等节肢动物也可能携带病原体，成为传播途径之一。
人群普遍易感，感染后会形成持久的免疫力，但与流行性斑疹伤寒存在交叉免疫。本病是一种自然疫源性疾病，全球范围内散发，尤其在热带和亚热带地区更为常见。在中国，华北、西南和西北地区发病率较高，发病高峰通常出现在晚夏和秋季，有时会与流行性斑疹伤寒同时存在。
地方性斑疹伤寒（endemic typhus）也称鼠型斑疹伤寒（murine typhus），或者称为蚤传斑疹伤寒（flea-borne typhus），是由莫氏立克次体（Rickettsia mooseri）引起的，鼠蚤为媒介传播的急性传染病，其临床特征与流行型斑疹伤寒近似，但病情较轻、病程较短，皮疹很少呈出血性，病死率也低。