南通市海门地方税务局为江苏省南通地方税务局的直属机构。
（一）内设机构
1、办公室
负责机关文电、机要、信息、会务、档案、督办、信访、保密、保卫和政务公开等工作；拟订有关工作制度；组织起草和审核重要文稿；负责面向社会的税收宣传、新闻发布工作；负责内部网站运行与维护等工作；负责税收理论及内部研究性资料的采编管理工作；负责本级的后勤服务、实物资产管理、基建等行政事务工作。
2、税政法规科
负责地方税种及基金、费的税政业务和征收管理工作；按照税收管理权限，贯彻落实各税种征收管理办法，处理执行税收政策中的有关事项；拟订依法行政、依法治税工作方案并组织实施；负责对地方税收执行情况的监督检查；承办税收案件的审理和行政处罚工作；办理税务行政诉讼、行政处罚听证和行政复议。
3、规划财务科
负责组织编制本地区地税收入中长期规划，编制、分配年度税收、基金（费）计划；组织开展税收收入分析预测和重点税源监控；负责税收会计、统计和票证管理；负责税款缴、退库工作；本地区财务、经费、着装和资产的管理工作。
4、征管和科技发展科
负责组织落实综合性税收征管法律、法规、部门规章及规范性文件，拟订具体操作办法；研究制定税收征管规程；组织协调综合治税工作；制定税务登记、纳税申报、纳税评估、税收日常检查、普通发票管理、税控器具推广应用等制度规程；统筹协调征管状况监控分析，负责征管质量考核工作；拟订并实施税收管理信息化建设的方案；负责各类应用软件的立项、开发、推广、应用和维护；负责计算机硬件设备、网络、系统软件及工具软件等技术基础设施的运行维护管理；负责信息安全管理与实施。
5、数据管理科（同时挂南通市海门地方税务局第七税务分局、税收风险评估分局的牌子）
负责税收风险分类分级管理工作，牵头制定涉税数据管理和风险管理办法；负责数据质量管理；组织涉税数据信息的采集维护（含综合治税部门信息交换）、加工、分析、推送、跟踪监督、反馈和评价考核工作；牵头建立评估指标和模型；组织对已建成数据模型的验证工作；承担对涉税信息应用状况的测评、跟踪监督和反馈工作；组织开展纳税评估和日常检查工作；统筹协调征、管、评、查等部门的数据分析应用。
负责制定、维护税收风险识别和排序规则，建立本级风险特征库；组织开展纳税人税收风险分析识别，按户归集纳税人风险，确定纳税人税收风险等级，开展税收风险疑点信息的典型调查；负责重点行业、重点企业、重要涉税事项的税收风险应对和监控管理；编制中小企业风险分析应对指南、模板；通过分析评估向管理、稽查部门推送核查、评估和检查任务，并对推送任务进行督办和考核。
6、人事教育科
负责管理干部人事、劳动工资、机构编制工作；负责出国出境人员的审查、报批工作；负责系统离退休人员管理和服务工作；负责思想政治工作和精神文明建设；负责干部学历教育和教育培训工作；负责系统内先进集体、先进个人的评选表彰和基层建设等工作。
（二）监察室和机关党委（总支）
1、监察室
负责监督检查各级税务机关及其工作人员执行国家税收法律、法规、规章制度和税收政策情况；受理对税务机关及其工作人员违法违纪的检举、控告以及税务机关及其工作人员不服政纪处分的申诉；调查处理税务机关及其工作人员违法违纪的行为；负责地税系统党风廉政制度建设并监督实施；制定有关税务监察工作规章制度，推动反腐败工作的开展；组织推进系统内政风、行风、作风建设。
2、机关党委（总支）
负责宣传和执行党的路线、方针、政策，以及上级组织和本组织的决议，围绕中心任务开展党建工作；负责本系统党组织和党员的管理工作，指导党员发展工作；了解掌握干部职工的思想动态，做好思想政治工作、精神文明工作，推进机关作风建设；领导机关工会、共青团、妇工委等群众组织依据各自的章程独立负责地开展工作；扎口负责县（市、区）级机关组织的文明创建和考核评比工作；完成领导交办的其他工作。
（三）直属行政机构
1、南通市海门地方税务局稽查局
负责拟定税务稽查具体办法并组织实施；监督和检查本地区征管对象（除由上级稽查局负责监督检查对象外）以及上级主管部门制定和交办对象执行地方税收政策、法规及制度情况；制定年度稽查工作计划，开展分类分级稽查工作；负责本辖区纳税人的自查辅导，协助市局稽查局做好对A类纳税人处理决定的执行工作；负责市局稽查局指定管辖的A类纳税人和委派的B类纳税人的检查工作；负责本辖区C类纳税人的检查；负责分类分级稽查总结及有关报表、资料的上报工作。查处税务违法案件；组织落实涉及地方税收的各项专项检查工作；办理有关人民来信、来访举报的税务案件；协调公安、检察、审判等机关处理税务稽查有关工作。
2、南通市海门地方税务局征收税务分局（同时挂纳税服务局、第一税务分局的牌子）
负责组织、协调和指导本系统各部门、各环节的纳税服务工作；组织实施纳税服务体系建设；组织实施面向纳税人的纳税服务工作规范、操作流程、监督管理和考核评价；管理纳税服务平台；组织实施面向纳税人的税法宣传、辅导咨询、办税服务、权益保护和税收法律救济（不含行政复议和行政诉讼）等工作；组织实施纳税信用体系建设；受理纳税人有关纳税服务的投诉，指导税收争议的调解；负责注册税务师的管理。
负责本地区所有纳税人的税款（基金、费）的征收工作；承担纳税人申请提交的限时办结类事项的受理和当场办结类事项的审批；承担税务登记、纳税申报、涉税审批、发票购销等涉税事项的受理和办理工作；承担税款、基金（费）的征缴管理和催报催缴；承担发票、税务票证的实物管理；承担税务登记、纳税申报、发票购销等环节中一般性违规违章行为的处理。
（四）派出机构
1、南通市海门地方税务局第一税务分局
工作职能同南通市海门地方税务局征收税务分局（纳税服务局）
2、南通市海门地方税务局第二税务分局
负责海门镇、海门经济开发区、国营江苏农垦江心沙行政区范围内（除明确由第六税务分局管辖的纳税人外）的地方税收、基金、费的管理工作；承担相关涉税事项的管理工作；承担协税护税的相关任务。
3、南通市海门地方税务局第三税务分局
负责海永乡、常乐镇、麒麟镇、三厂镇、临江镇(包括临甸工业集中区、青龙化工园区)、三阳镇、悦来镇、四甲镇行政区范围内（除明确由第六税务分局管辖的纳税人外）的地方税收、基金、费的管理工作；承担相关涉税事项的管理工作；承担协税护税的相关任务。
4、南通市海门地方税务局第四税务分局
负责货隆镇、王浩镇、余东镇、树勋镇、东灶港镇、刘浩镇、包场镇、万年镇、正余镇行政区范围内（除明确由第六税务分局管辖的纳税人外）的地方税收、基金、费的管理工作；承担相关涉税事项的管理工作；承担协税护税的相关任务。
5、南通市海门地方税务局第五税务分局
负责三和镇、海门工业园区（包括天补镇）、德胜镇行政区范围内（除明确由第六税务分局管辖的纳税人外）的地方税收、基金、费的管理工作；承担相关涉税事项的管理工作；承担协税护税的相关任务。
6、南通市海门地方税务局第六税务分局（重点税源管理分局）
负责海门市范围内的一定规模以上重点企业和重点行业的地方税收、基金、费的管理工作；承担相关涉税事项的管理工作；承担协税护税的相关任务。
7、南通市海门地方税务局第七税务分局（税收风险评估分局），与数据管理科合署。
职能同数据管理科。
负责全
（五）事业单位
市的契税、耕地占用税的征收管理；承担契税和耕地占用税相关涉税事项以及二手房交易环节的税收管理工作。
