根据主要职责，内设处室分别为：
1、综合处
承担综合协调机关政务工作；负责机关文电、保密、网站建设、保卫、机要、档案、信访和后勤等工作；监督管理武器装备科研生产的保密工作；指导协调并监督检查涉及军工的国家安全和保卫工作。
2、发展与科技质量处
拟定全省国防科技工业的发展规划；承担推进军工核心能力建设和军工固定资产投资监管工作；负责全省国防科技工业经济运行信息汇总、分析等工作；承担武器装备科研生产许可和军品市场及民口配套能力的监督管理工作，负责军工技术基础管理和军工科技创新工作，承担军工重点实验室、技术中心监督管理工作；监督管理武器装备科研生产质量；承担武器装备科研生产动员和军品出口监督管理相关工作；承担军工电子行业管理工作。
3、军民结合推进处
贯彻执行国家军民两用技术双向转移、军民通用标准等军民结合发展规划和有关政策规定；起草相关地方性法规规章草案和政策措施并组织实施；推进军民结合、寓军于民的武器装备科研生产体系建设；指导军工行业对外交流与合作。
4、民爆物品管理处（挂安全生产监管处、核应急办公室牌子，对外可使用省民爆物品管理办公室名称）
负责民爆物品的行业及生产、流通安全的监督管理；指导协调并监督检查涉及军工的安全生产工作，参与调查处理有关安全事故；承担核事故应急管理和军工核设施安全监督管理工作。
5、船舶行业管理办公室
贯彻落实国家船舶工业发展方针政策和法律法规；拟订全省船舶行业发展规划并组织实施；承担船舶工业固定资产投资项目相关管理工作；组织推进全省船舶工业技术进步。
6、财务处
负责机关财务管理工作，指导直属单位财务工作；负责机关及直属单位国有资产管理工作。
7、人事处
负责机关和直属单位的机构编制、人事管理等工作；协助国家军工企业集团做好在皖军工企业领导班子建设工作；指导企业加强人才队伍建设。
8、离退休工作处
负责机关离退休人员的服务管理工作，指导直属单位离退休人员的服务管理工作。
9、机关党委
负责机关和直属单位的党群工作。
10、省纪委（监察厅）派驻省国防科学技术工业办公室纪检组（监察室）
按照《省纪委 省委组织部 省编办 省监察厅关于对省纪委省监察厅派驻机构实行统一管理的实施意见》的规定履行职责。
