明、清时期，县以下设乡，乡以下为都、图、村。清末民初木渎辖有3乡6都87图（外有3个图连界，2个吊图）。
民国时期，吴县在木渎设第二（木渎）区。民国20年（1931），第二（木渎）区下辖东街、西街、南街、胥口、焦山、善人桥、金山、枫桥、铁铃9镇和七子、姑苏、孙庄、张巷、汤巷、唐港、金庚、陆巷、河东、孙家桥、山里、塘湾、一云、楂山、胜巷、渡登、顾家、顾匠、横山、唐巷、沈巷、西跨塘、长浜、灵岩、晓春、东溇、蒋巷、采香、双桥、东西资圩等30个村。共457闾，2314邻。面积390方里。
民国23年，第二（木渎）区下辖木渎、胥口、金山、枫桥、善人桥、焦山、蠡墅7镇和横泾、龙桥、新郭、杨凤、红蓼、姑苏、皋尧、藏书、玉遮、狮山、兰舟、白塔、支硎13乡。共192保，2021甲，22209户。面积662方里。
民国36年并编为吴西区，下辖木渎、善玉、焦山、藏书、金山、白狮（白塔、狮山并）、支硎、枫桥、胥口、姑苏、七子、龙凤、横塘、新蓼、蠡墅、光福、邓尉、迂溪、东渚、天池、香山、五云、新丰、石帆、西夏等25个乡镇，共324保，3396甲。
民国37年再次并编乡镇、吴西区下辖光福、西华、东渚、善桥、石湖、枫桥、金山、横塘、木渎等9镇和香山、胥口2乡。
1949年解放后，建立木渎区人民政府，下辖木渎、枫桥、横塘、金山、善桥、光福、东渚、西华8镇及石湖、胥口、香山3乡，共50保。
1950年，区乡调整，木渎区下辖木渎、善桥2镇及卫湖、胥口、姑苏、西塘、天池、藏书、焦山、石城、清明、金山、新华、香山12乡。
1950年底又调整为木渎、善桥2镇及金山、焦山、藏书、香山、卫湖、清明、姑苏、新华、石城、七子、胥口、天池12乡。共111个行政村，864个行政组。木渎镇设立4个街道小组，后改建为居民委员会。
1955年，金山、姑苏、新华、石城、七子等乡，共建有初级农业生产合作社129个。1957年建有高级农业生产合作社13个，并在此基础上，撤区并乡。1958年成立金山人民公社，下设15个生产大队。一度改为15个营80个连。1959年底，恢复建立21个生产大队，229个生产队。1964年调整为20个生产大队，223个生产队。1965年又调整为21个生产大队，229个生产队，1970～1971年为21个生产大队、230个生产队。1972年为22个生产大队，230个生产队。1977年，金星、姑苏两个大队划给木渎镇。1978年金山公社设有：谢村（新建）、孙庄（五星）、马庄（东风）、兴隆（新兴）、白塔（新华）、南浜（和平）、谢巷（三星）、灵岩、尧峰、长浜、七子、凤凰、明星、石城、新升、金山、天平、天灵、沈巷等19个大队。1983年，恢复金山乡建置，改生产大队为行政村。1985年，金山乡与木渎镇合并为木渎镇，全镇辖有1个街道办事处，8个居民委员会，22个行政村，239个村民小组。1993年4月，兴隆、明星、石城、新升4个行政村划给苏州市新区。1996年末，全镇辖有1个街道办事处，13个居民委员会，18个行政村，198个村民小组。
2003 年末，行政村（居委会）合并，全镇辖有 1 个街道办事处， 6 个行政村、 7 个社区。 2006 年 9 月，撤销藏书镇建置，原藏书镇部分 [ 藏东村（五峰村）、藏中村（善人桥村）、藏北村（天池村）、善人桥居委会（藏书居委会） ] 划给木渎镇，并设立木渎镇藏书办事处。 木渎镇下辖 1 个办事处 ( 藏书办事处 ) 、 9 个行政村（天平村、灵岩村、西跨塘村、姑苏村、金山村、尧峰村、五峰村、善人桥村、天池村）。 8 个社区居委会（香溪社区、同春居委会、翠坊社区、胥江社区、下塘社区、白塔社区、花苑社区、藏书社区）。 木渎镇在苏州的西南部丘陵盆地中，盆地略呈东西走向。其东、东北部宽广，西部较窄，镇四周环山。
镇境内地势平坦，整个地势（除东南角和合山，西北角灵岩山外），由西向东略呈缓冲倾斜之势。区内除山上出露基岩外，广泛分布为第四系洪积、波积、冲积相地层，地貌类型，属丘陵冲积平原。 木渎地处中亚热带北缘，受太湖水体调节，雨水丰沛，日照充足，无霜期长，具有明显的季风气候，气候温和润湿，干湿冷暖，四季分明。春季冷暖多变，夏季炎热多雨，秋季天高气爽，冬季寒冷干燥。夏季昼长夜短，盛行东南风，冬季日短夜长，常刮西北风。全年雨量以夏季为最多，冬季最少。
木渎镇历年平均气温为15.9℃。最冷月为一月，月平均气温3.3℃，最热月为七月，月平均气温为28.6℃。
