1913年的二次革命中,四川国民党党员熊克武成立重庆讨袁军总司令部,下设民政部、军政部。讨袁军由原蜀军两个团,川军第五师两个旅共九千人合编为四个支队,一个川江水师,一个炸弹队。龙光、吕超、李树勋、刘植藩分任四个支队司令,余际唐任川江水师司令,曾子玉、颜德基分任炸弹队队长。1916年熊克武在昆明组织四川招讨军,委任卢师谛为为参谋长,周官和为第一支队长,吕超为第二支队长。1917年护法战争爆发,孙中山委任熊克武为四川靖国各军总司令、黄复生与卢师谛为四川国民军正、副总司令。此时,四川的国民党九人团系与实业团系为御强敌,还没有出现明显分化。
1918年孙中山任命熊克武为四川督军,杨庶堪为四川省长。国民党势力主政四川,党内“九人团”和“实业团”之间的矛盾逐渐暴露。熊克武出任四川督军后,利用整编军队之机,对实业团石青阳、吕超、卢师谛、颜德基、黄复生等部军民多所排挤,双方矛盾激化。另外,熊克武对孙中山任命杨庶堪为四川省长亦心感不满,熊、杨之间亦矛盾重重。
实业团遂与杨庶堪联合,拥杨倒熊。其时,谢持在广州大元帅府任内务部长、秘书长等职,对此亦有表示支持。1920年春,实业团与杨庶堪联合滇黔军发动了倒熊之战。3月,唐继尧下令免去熊克武四川靖国军总司令职。5月,又任命吕超为四川靖国军总司令。5月下旬,吕超、石青阳等率部从绵阳、中江攻成都;滇军顾品珍、赵又新部从川南攻成都;黔军王文华部与实业团黄复生部在重庆、綦江一带攻熊系余际唐部。熊克武得刘湘等部的支持,与滇黔军及吕超等部展开连场激战,开始声势颇振,取得不少胜利。但到7月,熊部遭到全面反击,难以抵挡,熊克武宣布辞去四川督军职,于7月10日率部离开成都,退往川北阆中进行整编。7月18日,吕超率军入成都,通电就任川军总司令,实业团取得了暂时的胜利。熊克武退往阆中后,将部队进行整编,以但懋辛为第一军军长,刘湘为第二军军长,刘成勋为第三军军长。刘湘向熊克武建议,把刘存厚在汉中请回四川,合作驱逐滇黔军及吕超等部。熊克武表示同意,与刘存厚联络,刘亦应允。双方商定:在战事未决胜负之前,熊克武、刘存厚均不作四川督军,以刘湘为四川军前敌各军总司令,负责统一指挥。8月6日,刘存厚在汉中组织靖川军,自任总司令;率田颂尧、唐廷牧、张印本、赖心辉等部返川,熊、刘联合发动靖川之战。8月下旬,刘湘指挥各部由阆中向三台地区战略开进:刘存厚部及但懋辛的第一军为右方面军,经绵阳、罗江、沈阳、广汉向成都进攻;第二军为左方面军,经中江、金堂与右方面军会合,然后合攻成都。9月8日,川军攻占成都,熊克武、刘存厚两司令部相继入城。接着,川军与滇军赵又新、顾品珍部在成都近郊及龙泉山展开决战。川军集结兵力八十一营,滇军及吕超部共六十三营,双方激战十二昼夜。9月21日,滇军战败。随即,川军发起追击战,昼夜强行军,连克简阳、资阳、隆昌等县。10月3日,川军咬住溃败的赵又新部,将其围困于泸州,赵又新被击毙,顾品珍和熊克武商定,准其回滇倒唐,滇军全部退出四川。10月上旬,刘湘指挥川军分三路直攻驻重庆的黔军。黔军抵抗,节节失败。10月15日,川军攻占重庆,黔军总司令王文华仓皇乘轮船只身逃往上海,残部由卢焘代总司令率领,逃回贵州。熊、刘联合发动的靖川之战,将滇、黔军全部赶出四川,结束了滇、黔军阀控制四川的局面。同时,实业团的势