1913年的二次革命中，四川国民党党员熊克武成立重庆讨袁军总司令部，下设民政部、军政部。讨袁军由原蜀军两个团，川军第五师两个旅共九千人合编为四个支队，一个川江水师，一个炸弹队。龙光、吕超、李树勋、刘植藩分任四个支队司令，余际唐任川江水师司令，曾子玉、颜德基分任炸弹队队长。1916年熊克武在昆明组织四川招讨军，委任卢师谛为为参谋长，周官和为第一支队长，吕超为第二支队长。1917年护法战争爆发，孙中山委任熊克武为四川靖国各军总司令、黄复生与卢师谛为四川国民军正、副总司令。此时，四川的国民党九人团系与实业团系为御强敌，还没有出现明显分化。
1918年孙中山任命熊克武为四川督军，杨庶堪为四川省长。国民党势力主政四川，党内“九人团”和“实业团”之间的矛盾逐渐暴露。熊克武出任四川督军后，利用整编军队之机，对实业团石青阳、吕超、卢师谛、颜德基、黄复生等部军民多所排挤，双方矛盾激化。另外，熊克武对孙中山任命杨庶堪为四川省长亦心感不满，熊、杨之间亦矛盾重重。
实业团遂与杨庶堪联合，拥杨倒熊。其时，谢持在广州大元帅府任内务部长、秘书长等职，对此亦有表示支持。1920年春，实业团与杨庶堪联合滇黔军发动了倒熊之战。3月，唐继尧下令免去熊克武四川靖国军总司令职。5月，又任命吕超为四川靖国军总司令。5月下旬，吕超、石青阳等率部从绵阳、中江攻成都；滇军顾品珍、赵又新部从川南攻成都；黔军王文华部与实业团黄复生部在重庆、綦江一带攻熊系余际唐部。熊克武得刘湘等部的支持，与滇黔军及吕超等部展开连场激战，开始声势颇振，取得不少胜利。但到7月，熊部遭到全面反击，难以抵挡，熊克武宣布辞去四川督军职，于7月10日率部离开成都，退往川北阆中进行整编。7月18日，吕超率军入成都，通电就任川军总司令，实业团取得了暂时的胜利。熊克武退往阆中后，将部队进行整编，以但懋辛为第一军军长，刘湘为第二军军长，刘成勋为第三军军长。刘湘向熊克武建议，把刘存厚在汉中请回四川，合作驱逐滇黔军及吕超等部。熊克武表示同意，与刘存厚联络，刘亦应允。双方商定：在战事未决胜负之前，熊克武、刘存厚均不作四川督军，以刘湘为四川军前敌各军总司令，负责统一指挥。8月6日，刘存厚在汉中组织靖川军，自任总司令；率田颂尧、唐廷牧、张印本、赖心辉等部返川，熊、刘联合发动靖川之战。8月下旬，刘湘指挥各部由阆中向三台地区战略开进：刘存厚部及但懋辛的第一军为右方面军，经绵阳、罗江、沈阳、广汉向成都进攻；第二军为左方面军，经中江、金堂与右方面军会合，然后合攻成都。9月8日，川军攻占成都，熊克武、刘存厚两司令部相继入城。接着，川军与滇军赵又新、顾品珍部在成都近郊及龙泉山展开决战。川军集结兵力八十一营，滇军及吕超部共六十三营，双方激战十二昼夜。9月21日，滇军战败。随即，川军发起追击战，昼夜强行军，连克简阳、资阳、隆昌等县。10月3日，川军咬住溃败的赵又新部，将其围困于泸州，赵又新被击毙，顾品珍和熊克武商定，准其回滇倒唐，滇军全部退出四川。10月上旬，刘湘指挥川军分三路直攻驻重庆的黔军。黔军抵抗，节节失败。10月15日，川军攻占重庆，黔军总司令王文华仓皇乘轮船只身逃往上海，残部由卢焘代总司令率领，逃回贵州。熊、刘联合发动的靖川之战，将滇、黔军全部赶出四川，结束了滇、黔军阀控制四川的局面。同时，实业团的势
