2000年，深圳足球俱乐部为了加强梯队建设决定加大投入，将原来的二队分成二队和三队两支队伍。 2001年为了改变后备力量严重不足的现象，在全国进行建队以来选材面最广、选材过程最系统的招收梯队队员计划，以完善梯队的建设体系，向一队输送强有力的生力军，并初见成效，后来的历史证明，这批梯队在日后的困难年代顶上一队人员的流失，为保住深圳足球的火种立下了汗马功劳。 2003年又组建了U15队，即使在2004年深足陷入动荡致梯队建设停滞，但仍将梯队合并继续参加全国U-17联赛、U-19联赛。这批8990年龄段的最后梯队，最早在08年就顶上一线队，09年成为生力军，其中成员至今仍在一线队效力。
2007年，赞助商便提出深圳队组建深圳二队征战香港甲组足球联赛，但提议否决。 2008年深圳队被深圳足协托管后，赞助商仍再次提议，通过港甲联赛，打好俱乐部梯队的基础，培养球员。终于在2008年9月以“香雪上清饮”之名，派出8990年龄段预备队（半年后有大部主力补充入1队备战2009赛季的中超联赛，由来自南山足校的9192年龄段补充）征战2008年－09年香港甲组足球联赛，深圳队由此创造了一项记录就是成为首支同时征战内地和香港联赛的球队（后来有成都谢菲联效仿）。但由于俱乐部整体财力不足，导致球队被迫在香港常驻，无法使用在深圳的训练场地，训练质量难以保证，参赛成绩亦不甚理想，最终位列榜末而需降级到香港乙组足球联赛。随着降级二队也于09年夏退出香港联赛。
2009年1月，前深圳队94年建队元老球员范育红的南山少年足球倶乐部以提供训练基地及队员的方式入股深圳队，故此南山足校9192年龄段的队员（南山区一队）补充进入深足一线队和预备队，9394年龄段（南山区二队）接上为深足三线队，这两支队伍亦早已代表深圳参加广东省运会和广东省中学生运动会。在新股东入股后，深圳市体育局许诺加大参与深足梯队建设的投入。同期加盟的助教谢育新带领的盐田体校少年队亦都计划作为深足梯队加盟。但随着半年后范育红下课、谢育新改到广州市足协二线队任职后，深足与两者的关系发生了重大改变。南山二队9394年龄段的球员由于没有直接和深足签约，遂全部回归南山，后于2012年作为范育红独立山头新组建的球队深圳风鹏的主要生力军进军职业赛场。盐田体校少年队只有极少数球员加入了深足，也并未在与南山9192年龄段中的竞争出头，优秀球员皆被浙江绿城挖走补充入其9394年龄段梯队，代表浙江省参加了2013年的全运会夺得亚军，其中谢鹏飞，陈中流等突出球员于2012赛季便进入一线队征战中超，并入选国字号。盐田少年队在其尖子球员取得成功后，被视为深圳本地足球苗子的一次重大流失。
2010年，由于随南山9192梯队加盟深足的预备队教练张晓东监守自盗，导致连预备队中都出现了人才流失。同年，预备队中补充了少数签自其它俱乐部和地方足协，按当时转会规则不占转会名额的球员。
2011年，由于经济原因以及大运会对一线队都造成的场地困难，深足彻底取消梯队编制并放弃之后年龄段梯队的组建。预备队中的9192年龄段球员不被新帅特鲁西埃提拔入一队者，一律遣散。季前备战期，特鲁西埃错信他上任前代理带一线队操练的预备队教练张晓东做主推荐，导致不少具备真才实力，乃至已在中超赛场中历练过的宝贵人才成为被一线队舍弃的遗珠。部分未能入选的球员由于转会截止临近，和各队基本已无转会名额难以寻找下家，从而获得了一份最低标准的一年合同额外机会，得以留在深足，但也少有机会翻身，部分人后来在季中便纷纷自行离队。中国足协当年正式新推出主客场制的中超预备队联赛。所有中超球队的预备队均需参加，每轮中超联赛结束后的次日，预备队就进行比赛。实以替补阵容组成的“预备队”，由最终为更年轻新援让出名额，而早早退役的深足传奇射手李毅带队参赛。 4月2日，天津泰达预备队在民园体育场以2-0战胜深圳红钻预备队，这也是中国职业联赛和深足首场主客场制的预备队联赛。
2012年，全力争取立刻冲回中超的深足依旧忽视梯队，仅从陕西全运队（原陕西人和梯队，当年组队陕西老城根参加中乙）签下一名曾在深圳学球的青年门将补充入预备队。
2013年，由于被迫缩减投入，从而随着联赛进行逐渐再失冲超机会的深足开始接受委身中甲的新定位，并重启已经一穷二白的青训。先是与外省的青年俱乐部签订代培养协议，后开始从外地签入93至96年的青年球员直接补充入预备队，在预备队练兵。走回自健力宝退出起便一直在用的，从外省寻找“半成品”遗珠再二次加工打造的无实质梯队青训补血机制。另外在深圳本地，亦同教练组中田凯威，王宏伟，及前球员马里科和日夫科维奇，陈永强等在深圳自力民办的少年足球培训机构牵手合作。 10月份，马里科和日夫科维奇的培训班以深圳红钻U15至U17合作青训的名头启动。
