根据上述职责，市国土资源局设11个内设机构：
（一）办公室
负责组织协调局机关政务工作；负责文电、会务、机要保密、文书、档案等日常运转工作；组织对市人大、市政协有关建议、提案的办理；承担信息、安全、新闻宣传、政务公开等工作。
（二）政策法规与执法监督科
组织起草有关土地资源、矿产资源管理和地质环境管理、地质遗迹保护的规范性文件草案；组织有关法律法规的宣传教育工作；办理有关行政复议事宜，组织协调行政应诉和国土资源听证工作；负责综合性政策的调研工作；参与国土资源管理并对辖区内执行和遵守国家土地资源、矿产资源、地质环境法律法规的情况进行监督检查；对全市国土资源执法监察工作进行指导和监督检查。
（三）规划与调控监测科（挂行政审批科牌子）
组织编制实施全市性及区域性的国土规划、土地利用总体规划、矿产资源规划、地质环境规划；依法指导和审核国土资源相关规划；编制管理全市土地利用年度计划；承担建设项目用地预审和用地规划审查工作，研究有关国土资源的区域、城乡统筹协调、综合利用和循环经济政策措施，承担全市国土资源形势分析及研究；承担全市国土资源管理综合统计工作;按照一个窗口对外、一站式服务的要求，负责本机关行政审批事项的集中受理、全程协调服务和跟踪督办，对其中一般性的行政审批事项及“即办件”直接办理审批手续。
（四）财务科
承担国土资源有偿使用的资金管理工作；依法承担国土资源专项收入征管相关工作；承担上级和市级财政拨付的有关专项资金的监督管理和部门预算、国库集中支付和内部审计有关工作；拟订有关财务、资产管理规章，承担直属单位财务及国有资产监管工作；承担局机关财务及资产管理等工作。
（五）耕地保护科
承担全市基本农田划定、管理、保护工作；承担全市耕地保护责任目标考核的有关工作；指导全市土地整理、复垦、开发工作，负责市级投资土地整理、复垦、开发项目的立项、验收、监督检查；承担全市农用地转用、土地征收征用的审查、报批工作；承办城区增量建设用地手续。
（六）地籍管理科
承担全市土地登记、土地调查、土地统计和土地权属争议调处的组织管理工作；拟定土地调查的实施方案并组织实施；组织全市地籍信息系统建设、更新和维护；承担或参与调处跨县（市、区）及有重大影响的土地权属纠纷；承办市城区土地登记审核工作。
（七）土地利用管理科
承担全市城乡建设用地和土地市场管理工作；规范土地使用权出让、租赁、作价出资和转让行为；拟订并实施全市土地供应、土地价格、土地资产和土地储备管理政策；拟订并实施土地开发利用标准；组织审核节约集约用地评价和建设用地分等定级工作，负责基准地价、标定地价评测，对土地市场和地价实施动态监测；承办城区国家集体建设用地土地供应相关工作。
（八）矿产开发管理科
承担全市矿业权申报和市级矿业权审批登记发证、矿产资源开发利用管理、矿产品运销管理及统计工作；组织编制重要矿区矿业权设置方案，并负责监督实施；管理矿业权市场，合理配置资源；调处重大矿业权权属纠纷；监管矿产资源勘查、开采活动。
（九）矿产资源储量科
组织实施矿产资源储量管理办法、标准、规程、规范；管理全市矿产资源储量的评审、登记、统计以及压覆矿产资源管理的事项；负责全市矿山储量动态的监督管理；承担矿产资源补偿费征收管理及矿产地储备相关工作；承担矿业权评估和全市地质资料以及档案的管理工作；组织矿产资源形势分析和战略研究。
（十）地质环境科
组织协调全市地质灾害防治工作；承担地质遗迹、矿业遗迹等重要保护区、保护地的监督管理工作；组织开展地质灾害应急调查、重大地质灾害勘查治理和矿产地质环境恢复治理工作；指导、监督全市地质灾害的监测预警工作；依法管理地质环境、地质勘查和评价工作。
（十一）人事科（直属机关党委办公室与其合署办公）
负责局机关及直属单位的人事、机构编制管理；按规定承办管理县（市、区）国土资源部门领导干部的有关工作；组织实施教育培训工作；承办全市国土资源系统专业技术职称任职资格的评审和科技干部的管理工作；收集、整理国内外国土资源管理科技信息和情报资料，编制国土资源科技工作规划，对重大科技项目实施情况进行监督检查；组织参与国土资源相关科技成果的申报和推广；组织有关国土资源方面的合作与交流；负责局机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作；负责局机关和直属单位的党群工作。
纪检监察机构按有关规定设置。
