（一）办公室：负责党务、行政事务、文秘、信息处理、会务、机要、人事、档案管理、保密、安全、计划生育、工会、妇女工作、目标管理、接待服务等。同时，负责对外宣传、信息发布和政务公开，协调日常事务，处理应急管理工作，制定并执行机关内部规章制度，以及农业职业技能开发和人才培养工作。
（二）计划财务科：负责农业经济发展战略、规划制定，年度计划编制，提出投资规模和方向建议。管理财政性资金，制定扶贫开发规划，监督资金使用，组织资源区划和遥感监测，提出财政、信贷和保险政策建议，负责预算编制与执行，指导下属单位财务等工作。
（三）农畜产品质量安全监督管理科：负责大宗农畜产品的市场体系规划，制定质量安全管理规则，实施监测检验体系，提供市场信息，推动品牌建设，协调菜篮子工程，监督种子、农药、肥料和种畜禽市场，进行质量风险评估，实施认证管理，并负责农畜产品质量安全的监督和信息发布。
（四）扶贫开发和科技教育科：制定扶贫政策，监督资金使用，指导扶贫工作，衔接农村最低生活保障，管理扶贫项目，组织科技扶贫和技术引进，推动产业化扶贫和贷款支持，以及协调社会各界参与扶贫工作。
（五）农村经济与经营管理科：建议农村基本经营制度，指导土地承包和流转，监督减轻农民负担，参与农村综合改革和社会事业发展。
（六）政策法规和农业产业化管理科：制定农业产业政策，指导行政执法，负责农业产业化经营和农产品加工业发展，监测评估农业产业化重点企业。
（七）农牧渔业生产科：制定发展政策和计划，指导结构调整，负责环境保护，管理农作物资源，组织抗灾救灾，负责农业生产统计和资源区划。
（八）防疫检疫科：负责动物防疫和检疫，实施应急管理工作，管理兽医行政执法和技术支持机构。
（九）医政药政科（行政事项服务科）：管理官方兽医和执业兽医，监督兽药生产和使用，确保兽药质量和实验室安全管理，负责行政许可事项的受理和审批。
根据中共沁阳市委、沁阳市人民政府《关于印发〈沁阳市人民政府机构改革实施意见〉的通知》（沁文〔2010〕53号），设立沁阳市农业局，为市政府工作部门。