清朝时期，东北被视为龙兴之地，自顺治年间清军入关后，八旗驻防部队主要留守在沈阳（盛京）。在此期间，东北逐渐形成了三大将军管辖区域：盛京（后改称奉天），吉林，以及黑龙江，它们的地位与内地的行省相当。将军之下设有专城副都统，分别驻守各城，并管理周边地区，副都统之下则有总管负责管理各旗事务。
在汉民聚居地，清朝仿照内地设立了府、州、县、厅，以便于治理。巴尔虎、达斡尔、索伦（鄂温克）、鄂伦春、锡伯等民族居住在黑龙江、嫩江中上游地区，被编入八旗，由布特哈总管和呼伦贝尔总管统辖。黑龙江、乌苏里江下游及库页岛的赫哲、费雅喀、库页、奇楞等渔猎部落，则由三姓副都统进行管辖。
盛京将军统辖的地区包括奉天府、盛京副都统、锦州府、熊岳副都统、金州副都统和兴京副都统。吉林将军的管辖范围包括宁古塔副都统、伯都讷副都统、三姓副都统、吉林副都统、阿勒楚喀副都统和拉林副都统，以及珲春副都统。黑龙江将军管辖的地区则有黑龙江副都统、墨尔根副都统、齐齐哈尔副都统、布特哈副都统、呼兰副都统和呼伦贝尔副都统，以及通肯副都统。
然而，随着晚清时期甲午战争、八国联军之役和日俄战争的冲击，清朝在东北的统治受到严重挑战。1907年，清朝废除了盛京、吉林、黑龙江的将军制度，改设奉天省、吉林省和黑龙江省，原有的城副都统和总管制度也随之调整，转为府、厅、州、县的管理模式。到了1911年，奉天省管辖八府、八厅、六州、三十三县，吉林省领十一府、一州、五厅、十八县，黑龙江省则领七府、六厅、一州、七县。
清朝幅员辽阔，在沿袭了行省制度后又采取了其他种制度来管理地方事物，清朝在公元1644年，入主中原统一全国后，划山海关内为18个行省。省下设道、府（州）、县。 同时在北方设立五个将军辖区，管理广大的东北和西北地区。又在科布多设立参赞大臣辖区和西藏办事大臣及达赖喇嘛辖区、西宁办事大臣辖区、青海玉树四十族等负责广大的西南地区。在云贵地区设立土司制度。步入近代以后有在东南和西北设置了台湾省和新疆省。1908年（光绪三十四年），清朝共分为二十二省以及许多特殊地区。