南明政权中，只有弘光、隆武和监国鲁王与琉球国有过交往关系。这一时期中琉的交往始于1644年，终于1649年，5年间琉球国6次遣派使臣，中琉关系不仅得以维系，而且保持相互友好交往，起到了承上启下的作用，应予充分肯定。
1644年清军入关之后的相当长一段时间，琉球仍旧尊奉明朝为中央王朝，与明朝的继承者南明政权保持密切的联系，朝贡不绝。《明史·琉球传》称琉球国：“虔事天朝，为外藩最。”
1644年，尚贤王遣正议大夫金应元、使者吉时逢等渡明请求册封；因当时清军攻入中原，战乱未平，且又有海盗阻隔道路，所以长时期滞留在福建省。1645年，南明弘光帝即位，遣福州左卫指挥花煾诏谕琉球。尚贤王遣毛大用、阮士元庆祝并再次请求册封。弘光帝以礼科给事中陈燕翼为册封正使、行人司行人韩元勋为册封副使。不过未出航的时候弘光政权就被清军所灭。
隆武帝立于福建，遣指挥闽邦基诏谕琉球，琉球还继续遣使向明朝朝贡。1646年，隆武帝为清朝所灭后，琉球仍然向监国鲁王朱以海朝贡。琉球王国也同支持鲁王的建国公郑彩关系密切，郑彩也严禁手下船只袭击琉球贡船。鲁王和建国公通过琉球的朝贡贸易获得了抗击清军所需的硫磺；另一方面，建国公希望从日本购买武器，但由于江户幕府坚持锁国政策而失败了。
琉球一直拒绝同清朝建立关系，直到1653年（永历七年），琉球中山王尚质才遣使前往清朝，决定同清朝建立朝贡关系。第二年，再遣贡使，并且缴换了明朝敕印，请求封号。 早在永历政权建立之初，暹罗方面就做好救援准备，但由于情势复杂未有实质行动。后来李定国一度大破清军，南明形势出现转机，向南洋国家请兵的计划也被搁置。而暹罗国王帕拉赛也在1656年去世，子昭发猜即位。但不久帕拉赛王之弟室利发动政变，杀害侄昭发猜自立，暹罗内乱。同年，帕拉赛幼子那莱再度政变消灭室利，夺回了政权。暹罗在一年内更迭了四个国王，政局动荡，支援南明的行动也不得不暂停了。到了1658年，那莱王稳定了国内局势，再度着手援明准备。1659年初，云南失陷、永历帝出逃的消息传至暹罗，暹罗君臣商议迎永历入泰避难。但此后不久，永历帝却逃进了缅甸。暹罗与缅甸世代仇恨，听闻此事，那莱王失望不已并担忧永历帝安危，遂派兵至泰、缅边境，见机行使，以防不测。
暹罗那莱王闻永历帝殉难，李定国病故，悲痛万分，但亦无可奈何，只好引军南归。此后暹罗为南明晋王李定国立庙祭祀，每到明崇祯帝、永历帝忌日也都举行佛事。后来清朝试图逼迫暹罗臣服，命其交出明朝颁发的金印、诏书。暹罗国小兵寡，但又不愿背明，其王命工匠仿制金印送交清廷，将真物暗中藏匿。 主词条：南明求助罗马教皇
永历四年（1646年）澳门葡萄牙当局发兵300、携大炮数门前来助战，一时使南明收复了不少失地。为了感谢传教士，永历六年（1648年）宫中受洗的有嫔妃50人，大员40人，太监无数。其嫡母王太后、生母马太后、妻子王皇后、太子慈炫都进行过洗礼，但永历帝本人则并未受洗。
永历六年（1648年）十月再度危机，永历帝再次派人赴澳门求援，澳门的葡萄牙当局仅以火枪百枝相助，显得微不足道。
于是，王太后又决定派使臣陈安德与传教士卜弥格直接赴罗马向教宗求援。她在致罗马教宗的书信中诚恳地祈求“天主保祐我国中兴太平”，并希望教廷多送耶稣会士来中国广传圣教。此书信历时两年之久方才抵达。
而当卜弥格携教宗复书返回抵交趾（安南）时，已经是永历十六年（1662年）八月，南明政权已经濒于瓦解，教宗的回信最终亦未能送到永历帝之手。
