根据临床症状及病变可作出初步的诊断。用生理盐水沾湿的棉签，在病鸽口腔内刮取粘液做成压滴标本，用光学显微镜观察，在400倍放大的暗视野中找到淡灰色梨形或椭圆形活动的虫体便可确诊。临床上应注意与粘膜型鸽痘、念珠菌病、维生素A缺乏症相区别，这三种病虽有粘膜损伤但找不到虫体。与念珠菌合并感染时镜检，除了发现活动迅速、呈梨形透明的虫体外，还可见到芽生孢子或菌丝体。
可根据咽型及内脏型的特征性病变作出初步诊断。确诊最好是取喉部或嗉囊黏液涂片镜检，其方法是用棉签拭取喉部黏液，在滴有生理盐水的玻片上涂抹，然后用显微镜检查，若有毛滴虫，可见呈梨形、有四条鞭毛的虫体作螺旋式运动。
注意本病应与口腔有伪膜的疾病（主要有黏膜型鸽痘、念珠菌病、维生素A缺乏症）和细菌病相区别。
（1）与念珠菌病的区别
鸽毛滴虫病的病变表现为上消化道由上至下内表面有淡黄色伪膜；念珠菌病病变最常发生于嗉囊，表现为嗉囊黏膜增厚，黏膜上有白色、圆形、隆起的溃疡。此外，念珠菌病还有食管及腺胃也会出现溃疡，当念珠菌病发展到口腔时，嗉囊和腺胃的溃疡已很严重并有伪膜覆于其内表面；鸽毛滴虫病的病变很少发展到腺胃和小肠。
（2）与维生素A缺乏症的区
从理论上讲，维生素A缺乏症在鸽方面的表现与其在其他禽类中的表现是极其相似的，病程表现为渐进性的由轻而重，在喂相同饲料的情况下表现为全群发病；而鸽毛滴虫病在一群体中表现为按比例发病，且不同个体由于感染时间和抵抗力不同，疾病的严重程度也不同。
（3）与鸽痘的区别
只有黏膜型鸽痘出现口腔伪膜，才易与鸽毛滴虫病相混淆，鸽痘的伪膜难剥离，往往会在脸、鼻瘤和爪等处出现痘。鸽毛滴虫病病鸽口腔常有小片淡黄色干酪样物，容易进行无血分离，且剥离后不留痕迹。取伪膜进行镜检更有利于区别。
（4）与一些细菌病的区别
部分细菌感染如葡萄球菌病、链球菌病、大肠杆菌病、坏疽性皮炎、绿脓杆菌病等也能引起脐部的炎症，鸽毛滴虫病与上述疾病显著的区别在于上述疾病病灶湿涂片镜检查不到虫体，而鸽毛滴虫病则可以发现大量活虫体。
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