通化县信访局根据其主要职责，内部设有三个专门负责的科室:
1. 办公室
组织协调日常政务，包括会议和活动的安排。
负责上下级信息的传递，作为领导的决策支持。
负责上级来文的处理、保密以及文书档案管理。
负责全局的人事和财务管理工作，包括后勤保障、接待等。
处理其他政务和服务事务，按领导要求完成其他任务。
2. 来信来访接待科
负责接待群众的来信来访，登记问题并协调处理。
处理给县委、县政府领导的来信和上级转办的信件，分类并提出处理建议。
负责定期报告来信来访情况，监督案件办理落实。
指导全县的来信来访工作，并监督乡镇和部门的执行情况。
协助维持来访秩序，执行其他领导交办事项。
3. 信访案件督办科
负责办理上级交办的案件，并反馈处理结果。
检查乡镇和部门案件处理进度，提供业务指导。
直接处理重要案件和领导批示的事项。
负责复查案件材料的受理、审批和整理，监督法定时限内的办理。
督导各乡镇及部门的信访工作，处理对外联系事务。
完成领导交付的其他工作。