在秦始皇三十四年（公元前213年），博士齐人淳于越反对当时实行的郡县制，要求根据古制，分封子弟。丞相李斯加以驳斥，并主张禁止百姓以古非今，以私学诽谤朝政。秦始皇采纳李斯的建议，下令焚烧《秦记》以外的列国史记，对不属于博士馆的私藏《诗》、《书》等也限期交出烧毁；有敢谈论《诗》、《书》的处死，以古非今的灭族；禁止私学，想学法令的人要以官吏为师。此即为焚书。而在焚书开始的第二年，即公元前212年，秦始皇在当时秦首都咸阳将四百六十余名术士坑杀，即为所谓的坑儒。
1.是秦朝建立专制主义政治体系的需要。
2.一些儒生和游士引用儒家经典，借用古代圣贤的言论批评时政。
只是对于坑儒，史学家们仍有争论。一般来说有三种看法：
（1）第一是历史上并无焚书坑儒一事，这纯属后人的杜撰。持这一观点的是民国时期兴起的疑古派，近几十年的出土文物，有力地支持了司马迁《史记》的真实性，从而证明了疑古派观点的不成立；
（2）第二是的确坑了一些人，不过那只是些方士，或称术士。秦始皇焚《诗》、《书》，医、卜之类的文籍，不在焚烧之列。司马迁所著的《史记》中，从未提起过坑儒二字。且司马迁与汉武帝年龄相仿，按最迟计算（汉武帝崩于公元前87年），司马迁距离焚书坑儒发生的时间，最远不过120多年。120年的时间跨度，是什麽概念？就相当於今天的2012年到1896年（清光绪年间）的跨度。司马迁从十多岁起，就开始遍游中国，二十三岁的时候，其父司马谈去世，司马迁就已经接任其父的职务，担任汉太史令了。如果从司马迁20岁开始算起（-147年），距离焚书坑儒（-212年）的时间跨度，不过65年而已。即相当於2011年往前推65年（相当於中华民国时期的1946年）。在这样一个狭小的时间跨度之内，以司马迁的学识和所处高层的地位，焚书坑儒这样大的事件，不可能不清楚。
3.在关于郡县制的辩论中，丞相李斯斥责儒者依古制实行分封制的主张不合时宜。
最主要的一本是《尚书》，因为尚书记载上古圣王的治世理念，而秦始皇自以为功高三皇，德迈五帝，所以要用自己的治世观念代替上古圣王的治世思想，欲厚今乃焚古。其次是《诗经》，因为诗经中多赞颂历代君王，始皇不愿有六国遗党颂六国先王。但，最最重要的或是一本方士《道经》。这道经非现在的老子道德经。此经唯留十六字，十六字心传。人心惟危，道心惟微；惟精惟一，允执厥中。（《古文尚书·大禹谟》）《荀子·解蔽篇》中也有类似的引注，称：《道经》曰：‘人心之危。道心之微。’危微之几，惟明君子而后能知之。
以上种种原因的使秦始皇做出焚书坑儒的事情来，但是，秦始皇并不是有意要与儒家为难。实在是当时的秦朝历来倡导法家思想，以法家思想治国，这四百六十人被秦始皇坑杀了，是因为秦始皇痛恨他们像卢生那样欺骗或者散布诋毁秦始皇的话，犯了诽谤罪，而并非惩罚他们学了儒。秦王朝并没有专意要坑儒，最多是坑了政见不合者。
千百年来，关于秦始皇为什么要焚书坑儒，人们围绕着秦始皇编造了一个又一个故事，真假参半，添油加醋。而历史的真相往往是出乎我们所料的，希望有关学者可以为我们解开更多的历史真相。