衡阳市食品药品监督管理局前身为衡阳市药品监督管理局，始建于2000年4月26日，2001年7月实行省以下垂直管理，正处级，现为省食品药品监督管理局直属机构。
内设机构：办公室，政策法规科，食品安全监察与协调科，药品注册安全监管科，药品市场监督科，医疗器械科，稽查支队，人事教育科，财务科，监察室，机关党委。
直属机构：衡阳市食品药品检验检测中心和衡阳县、祁东县、常宁市、耒阳市、衡东县、衡山县、衡南县、南岳区食品药品监督管理局。
根据《中共衡阳市委衡阳市人民政府关于印发〈衡阳市人民政府机构改革方案的实施意见〉 的通知》（衡发〔2010〕3号）和《中共衡阳市委衡阳市人民政府关于衡阳市人民政府机构设置的通知》（衡委〔2010〕4号），设立衡阳市食品药品监督管理局，为衡阳市人民政府工作部门。 （一）取消已由衡阳市人民政府公布取消的行政审批事项。
（二）将衡阳市卫生局食品卫生许可，餐饮业、食堂等消费环节（以下简称消费环节）食品安全监管和保健食品、化妆品卫生监督管理的职责划入市食品药品监督管理局。
（三）将综合协调食品安全、组织查处食品安全重大事故的职责划给衡阳市卫生局。 （一）监督实施药品、医疗器械、化妆品和消费环节食品安全监督管理的政策、规划；起草相关规范性文件。
（二）负责消费环节餐饮服务许可和食品安全监督管理。
（三）监督实施消费环节食品安全管理规范；开展消费环节食品安全状况调查和监测工作。
（四）负责化妆品卫生监督管理工作，监督实施化妆品卫生标准和技术规范。
（五）负责药品、医疗器械行政监督和技术监督，监督实施药品和医疗器械研制、生产、流通、使用过程的质量管理规范。
（六）负责药品、医疗器械监督管理和一类医疗器械产品注册，监督实施国家药品、医疗器械标准；组织开展药品不良反应、医疗器械不良事件监测；配合有关部门实施国家基本药物制度；组织实施国家处方药和非处方药分类管理制度。
（七）组织实施中药、民族药监督管理规范，监督实施中药材生产质量管理规范、中药饮片炮制规范；依法实施中药品种保护制度。
（八）监督管理药品、医疗器械质量安全，监督管理放射性药品、麻醉药品、毒性药品及精神药品。
（九）组织查处消费环节食品安全和药品、医疗器械、化妆品等研制、生产、流通、使用方面的违法违规行为。
（十）指导全市食品药品有关方面的监督管理、应急、稽查和信息化建设工作。
（十一）开展与食品药品监督管理有关的交流与合作。
（十二）在职责范围内，贯彻实施国家和省市食品、医药产业政策。
（十三）承办衡阳市人民政府交办的其他事项。 根据上述职责，衡阳市食品药品监督管理局设12个内设机构：
（一）办公室。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作及安全、保密、信访等工作；承担统计、新闻宣传、综合信息管理工作；指导本系统信息化建设；负责有关食品药品安全突发事件应急管理的组织、指挥和协调工作。
（二）政策法规科。
组织开展有关法律法规的宣传教育并监督实施；承担规范性文件的合法性审核工作；承担行政执法监督工作；承担行政复议、行政应诉和听证等工作；组织实施食品药品执法大检查；协助食品药品重大案件、跨地区案件的处理；负责食品药品执法人员执法证件的核发、变更等有关工作。
（三）餐饮服务监管科。
负责消费环节食品安全监督管理工作；监督实施消费环节食品安全管理规范；承担消费环节食品安全状况调查和监测工作；承担餐饮服务许可管理工作；监督实施餐饮服务许可的有关规范；协助消费环节食品安全重大事故的应急处置和调查处理。
（四）保健食品化妆品监管科。
负责保健食品的监督管理工作；承担化妆品卫生监督管理工作；监督实施化妆品安全管理规范；承担化妆品安全状况调查和监测工作；承担化妆品卫生许可管理工作；监督实施化妆品卫生许可的有关规范；协助化妆品安全重大事故的应急处置和调查处理；负责保健食品、化妆品广告的监测工作。
（五）药品注册与安全监管科。
监督实施中药材生产、药品和直接接触药品的包装材料生产以及医疗机构制剂等质量管理规范；受省食品药品监督管理局委托，负责辖区内医疗机构制剂调剂使用的审批；负责新药临床试验的监督管理；依法监管医疗用毒性药品、麻醉药品、精神药品、放射性药品、戒毒药品和药品类易制毒化学品的生产、使用；依法实施中药品种保护制度；组织实施药品不良反应监测工作；指导全市药品、药品包装材料检验机构的业务工作。
（六）药品市场监管科。
监督实施药品经营质量管理规范；监督实施处方药、非处方药、中药材、中药饮片的购销规则；组织实施处方药与非处方药分类管理制度；依法对医疗机构药品使用实施监督；依法核发《药品经营许可证》；依法监管医疗用毒性药品、麻醉药品、精神药品、放射性药品、戒毒药品和药品类易制毒化学品的经营；负责药品广告的监测工作，组织医疗器械、保健食品、化妆品广告的监测工作；负责互联网药品信息服务和交易行为的监督管理。
（七）医疗器械监管科。
监督实施医疗器械标准和医疗器械产品分类管理目录；监督实施医疗器械研制、生产、流通、使用过程的质量管理规范；推行医疗器械认证制度；组织实施医疗器械不良事件监测工作；依法核发医疗器械生产、经营许可证；负责核发一类医疗器械产品注册证；负责医疗器械广告的监测工作。
（八）规划财务科。
拟订全市食品药品事业发展规划；拟订局机关和直属单位财务管理制度并组织实施；编制局机关和直属单位经费预算、决算并监督执行；负责局机关日常财务核算工作；负责局机关和直属单位资产管理和行政事业性收费的监督管理；承担局机关和直属单位内部审计工作；承担局机关和直属单位基本建设的审核报批工作。
（九）人事教育科。
负责局机关和直属单位的干部人事、劳动工资、机构编制管理、离退休干部管理、职称和外事行政
等有关工作；制定本地区食品药品监督管理人员培训规划并组织实施；承担食品、药品等相关从业人员的教育培训工作。
（十）稽查办公室
受理案件举报和投诉，负责依法查处药械(含药品、医疗器械、药品包装材料和容器）、保健食品、化妆品和消费环节食品安全方面的违法违规行为案件；组织实施相关人员稽查抽验计划；对产品召回进行监督；配合重大案件、跨地区案件的处理；承办局交办的其他事项。
（十一）监察室
在上级纪检、监察部门和本局党组的领导下，开展行政监察工作，负责局机关和直属单位工作人员违纪违规案件的查处工作，配合开展党风廉政建设的宣传教育工作。
（十二）机关党委
负责局机关和局直属单位党群工作。
纪检（监察）机构按有关规定设置。 市食品药品监督管理局机关行政编制为38名，其中：局长1名，副局长3名，纪检组长1名，工会主席1名；正科级领导职数10名（含监察室主任1名），副科级领导职数19名。
机关后勤服务全额拨款事业编制4名。 （一）派出机构
设立衡阳市食品药品监督管理局雁峰、石鼓、珠晖、蒸湘分局，加挂雁峰、石鼓、珠晖、蒸湘食品药品执法大队牌子，为衡阳市食品药品监督管理局的派出机构。所需人员从衡阳市卫生监督所连人带编划入15名，四个城区按雁峰在职12人，石鼓在职9人、退休2人，珠晖在职9人、退休3人，蒸湘在职10人、退休3人进行划转，共计划转人员63人，其中在职55人、退休8人。
（二）事业单位
1、衡阳市药品检验所更名为衡阳市食品药品检验检测中心，加挂衡阳市药品不良反应监测中心牌子，实行一个机构、两块牌子，为衡阳市食品药品监督管理局管理的副处级事业单位。
2、保留衡阳市食品药品监督管理局稽查支队机构编制，将其设置为衡阳市食品药品监督管理局管理的正科级事业单位。
以上派出机构和事业单位的机构编制方案另行下达。
（三）保健食品的监督管理由衡阳市食品药品监督管理局负责，法律法规另有规定的从其规定。
（四）食品生产、流通、消费环节许可工作监督管理的职责分工。衡阳市卫生局负责对国家制定的食品生产、流通环节的卫生规范和条件，以及纳入食品生产、流通许可的条件实施监督。衡阳市食品药品监督管理局负责餐饮业、食堂等消费环节餐饮服务许可的监督管理。衡阳市质量技术监督局负责食品生产环节许可的监督管理。衡阳市工商行政管理局负责食品流通环节许可的监督管理。不再发放食品生产、流通环节的卫生许可证。
（五）药品流通管理的职责分工。衡阳市商务局是药品流通行业主管部门，负责研究拟订药品流通行业发展的规划、政策，推进药品流通行业结构调整，指导药品流通企业改革，推动现代药品流通方式的发展。衡阳市食品药品监督管理局依法负责药品流通企业的准入管理和药品流通监管，拟订药品流通过程中涉及质量与安全的相关标准并监督实施；配合衡阳市商务局执行药品流通行业发展规划和政策。
