中西医该怎样结合，至今尚存在争议。中医界近年来倡导兰州裴正学教授等提出的「西医诊断，中医辨证，中药为主，西药为辅」的中西医结合模式。值得注意的是：任何一门学科都有其自身独特的理论体系。在中西医结合理论和临床实践中，我们要准确把握中西医之间的互补性和各自理论体系的独立性，避免将西医学思维方式和理念套用于中医，以免对中医学自身的健康发展产生不利的影响，下面我们来分析这个问题。
在中医辨证论治时首先需要明确：中医学的「藏象」和西医学组织器官的概念是有区别的，西医诊断和中医脏腑辨证定位不是对等的；而且，《伤寒论》以「六经」为辨证纲领，《温病学》以卫、气、营、血及上、中、下三焦为病位，如果忽视这种差异，依据西医诊断去按图索骥，让中医辨证论治「对号入座」，那么会使中医思维方式和理念西医化，从而丧失自身的特色意义。
如中医学「肝」的内涵不仅仅局限于肝脏本身，它主要代表了肝脏在五行中属木，主升发疏泄这种功能；中医学的脾脏，实际上包含了整个胃肠道的消化功能。
所以，中医辨证论治时确定病位就不一定和西医诊断相一致，如中医辨证肝炎（西医诊断），属脾胃湿热的类型很多，故肝炎的中医辨证病位不一定都在肝，不一定从肝论治，临证常通过清利胃肠湿热，以调理脾胃运化功能为主要的治疗方法。
但中医初学者可能会被西医诊断所误导，就肝病去「治肝」。 还有临床上常见的不经辨证论治，轻率选用中成药。如将肿瘤病灶视作瘀阻，不考虑患者耐受力滥用活血化瘀药；对发热类疾病，不辨轻重选用苦寒清热药双黄连、清开灵；心肌梗死、脑血栓类疾病，不分虚实静滴川芎秦、丹参酮等，都是西医学思维方式指导下的中医药治疗。我们可否将这种方式的中西医结合，称之为「西化的中医」？
中医学的灵魂在于「理」、「法」与「悟」。中医之「理」本于阴阳，阴阳二气偏盛或偏衰是产生疾病的根由，「善诊者，察色按脉，先别阴阳」，《黄帝内经》明确地提出了中医辨证的要领。「法」在权变，从中医病邪理论来说，「邪气」本无方体，无定象，故治疗当无成方。「悟」即是医者妙识玄通，参透阴阳二气升降出入，往复循环，生生不息之理，识大道之本体，所谓神而明之，存乎其人是也。如上所述，若汲汲于西医学之定位，忽视中医学自身的特点，将使中医之「理」、「法」、「悟」丧失而中医之医道渐灭。
应当肯定，给疾病一个准确的西医诊断以定位，中医辨证以定性，使中医学理论科学化，规范化，中医辨证论治有了规律可循，治疗用药针对性增强，便于学习，掌握和推广运用。但由此产生的头痛医头、脚痛医脚的现象却偏离了中医学的基本精神，这是应当引起重视的。
因此，培养优秀的中医人才，提高中医辨证论治水平，关键是一个思想方法的问题。