牧医工程学院前身是畜牧兽医系，始建于 1929 年，当时隶属于河南省省立中山大学农科。 1930 年改为河南大学农学院畜牧系。抗战期间，随学校辗转迁徙于镇平、嵩县。 1939 年转移并入陕西杨凌（武功）西北农学院。 1950 年河南大学重建，设畜牧兽医专修科， 1951 年设畜牧兽医系。 1952 年，在全国高校院系调整中，兽医专业并入江西农学院，畜牧专业并入华中农学院。院系调整后，保留了畜牧兽医教研室和动物教研室。 1958 年学校恢复了畜牧专业，最初由农学系代管； 1959 年恢复畜牧兽医系和畜牧专业招生， 1960 年开始招收兽医专业。 1964 年畜牧兽医楼竣工启用，当时是全校唯一的系级教学楼。在国家刚刚度过三年经济困难时期，投资装备了畜牧兽医系的生理生化、微生物与传染病、病理几个基础与专业基础实验室，为加强这几个学科的发展注入了宝贵的活力，为改革开放以后学院几个硕士点和重点学科的建设奠定了基础。
文化革命期间，畜牧兽医系历经商丘办学（ 1969 年元月至 7 月），遂平下乡（ 1969 年 11 月 -1971 年春），搬迁许昌（ 1974 年春 -1980 年）几次动荡，教学、科研蒙受重大损失，一大批骨干教师调离，招生先后中断七年（ 1966 、 1967 、 1968 、 1969 、 1970 、 1971 、 1973 年）。
改革开放以后，学校由许昌搬回郑州，畜牧兽医系进入稳定全面发展阶段。 1972 年— 1976 年招收畜牧兽医专业， 1977 年— 1979 年招收兽医专业， 1980 年恢复招收畜牧、兽医两个专业， 1987 年增加了卫检专业招生， 1988 年又增加了营养专业， 1993 年撤系建院， 1999 年根据教育部新专业目录，卫检、营养专业停止招生，该院又申报了药物制剂专业， 2002 年增加了生物工程专业， 2003 年增加了草业科学专业，2004 年增加了动植物检疫专业，2005年增加食品质量与安全专业。在专业增加和招生规模扩大的情况下，我院 1996 年对牧医楼加层，此后学校桃李园学生公寓和工程楼的相继竣工，这一切都为学院的发展提供了必要的基础条件。在改革开放各项政策的指引和国民经济迅速发展的带动下，牧医工程学院从基础设施到学科建设，从师资力量到专业设置，从总体规模到教学工作水平都取得了长足的发展。
七十八年来，学院共培养本科生 4000 多人，硕士研究生 80 人。他们正辛勤工作在教育、科研、党政、企业等行业，已经或正在做出出色的贡献，为全面建设小康社会、为中华民族的复兴在努力拼搏。
