上海市环境科学研究院
围绕上海社会、经济发展、环境保护和城市建设的中心任务，开展前瞻性、应用性环境课题研究，为环境管理提供决策咨询和技术支持；开展环境影响平价，环境工程设计、施工为企业环境保护服务，组织推广清洁生产和环境标准论证。
上海市环境保护信息中心
负责市环境保护局信息系统规划的编制；市环境保护信息系统的建设、维护和日常技术运行管理；负责市环境保护信息的技术管理和加工分析，并向社会提供环境保护信息咨询服务。
上海市环境监测中心
参与制定全市的环境监测计划；负责环境要素的常
规监测、污染源监督监测和污染事件的调查；编写全市环境质量报告书；开展环境监测技术研究；参加制定和修订环境标准和技术规定，负责全市环境监测质量保证工作；对各区、县环境监测站进行业务、技术指导和负责全市环境监测网业务上的组织协调；承担全市综合性环境调查和环境污染纠纷的技术仲裁等。
上海市环境监察总队
主要负责三查两调一收费即查污染源排放情况、查环保设施的运行、查三同时项目执行情况；事故调查、群众矛盾调查；征收排污费。负责指导本市各区、县环境监察部门的业务工作。负责环保应急热线日常运行和管理。 负责全市放射环境质量监测；负责放射性污染源和电磁辐射监督监测；建设项目中有关放射性的本底调查和三同时监测以及仲裁监测；收贮、处置放射性废弃物。
负责危险废物经营许可证审核管理；负责危险废物转移联单管理；负责进口废物管理；对危险废物产生、处理处置的监督管理。
上海市环境保护宣传教育中心
宣传党和国家的环境保护方针、政策，提高群众环境意识，组织策划环境宣传教育活动，动员全社会的力量防治环境污染，保护环境质量，协调环境教学校育。
上海市环保事业发展中心
负责环保产业技术开发；污染源治理设施专业运行管理；组织开展建设项目环境影响评价书(表)编制工作。
